一組新的桉樹EST-SSR標記開發(fā)及遺傳圖譜的整合.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目前桉屬中EST-SSR標記還比較少,本研究利用從GenBank中下載的桉屬EST序列,經(jīng)過序列拼接,共新合成引物266對,利用尾葉桉×細葉桉作圖群體的P2對新合成的引物進行PCR條件優(yōu)化,其中203對有PCR產(chǎn)物。此外,何旭東(2010)優(yōu)化好的但通過直接測序未完成EST-SSR標記開發(fā)的420對引物一起用于本研究實驗中。
  PCR篩選成功的623個EST-SSR進行混合克隆測序,389對引物測序序列較好。測序結(jié)果與源EST序

2、列各自比對,295對引物成功測序并含有SSR,94對引物經(jīng)測序確認存在PCR誤擴增現(xiàn)象。
  將新開發(fā)EST-SSR標記對應的EST用BlastX程序?qū)ζ溥M行基因功能注釋上的非冗余蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進行同源比對分析。在E值  利用295對新開發(fā)的標記檢驗桉屬不

3、同亞屬的通用性情況表明,273個標記有效地檢測到等位基因并得到1958個等位片段。258個有多態(tài)性的EST-SSR標記其觀測雜合度(Ho)平均值為0.4118,變化范圍為0-1;期望雜合度(He)變化范圍為0.0417至0.9477,平均為0.6331;多態(tài)性信息含量(PIC)從0.04到0.6234不等。
  273個標記中,有148個在作圖群體的132個子代中有分離,結(jié)合前期已進行桉樹遺傳作圖的STS標記,利用Mapmaker

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