基于花椒轉錄組序列的SSR分子標記開發(fā)及種質資源鑒定.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、花椒(Zanthoxylum bungeanum Maxim)為蕓香科花椒屬植物,有較高的藥用、食用和生態(tài)價值;花椒在我國栽培歷史悠久,品種資源繁多,且栽培范圍廣泛,但由于在引種栽培過程中,同名異種、同種異名的現(xiàn)象比較嚴重,不利于花椒種質資源的鑒定、引種工作。本文以12個有地域代表的花椒種質為試驗材料,開展了花椒EST-SSR功能性標記的開發(fā),并對12份花椒種質資源進行了鑒定,豐富花椒在分子標記方面類型,為花椒種質資源鑒定提供依據(jù)。

2、r>  主要研究結果如下:
  1.采用生物信息學分析軟件MISA對前期測序獲得的45057條Unigene序列進行了SSR位點數(shù)據(jù)挖掘,發(fā)現(xiàn)在全部的非冗余序列中有3315條序列包含SSR位點,共3814個,SSR位點在全部序列中的出現(xiàn)頻率為8.46%,平均分布距離約7.2kb;在檢索出的SSR位點中,三核苷酸是主導重復類型,且三核苷酸重復基元中以GAA/CTT、AGA/TCT重復基元出現(xiàn)頻率最高;在檢索出的不同SSR位點類型中,

3、所有重復基元的重復次數(shù)范圍在4-12次。其中二核苷酸重復次數(shù)范圍6-12次、為最大,六核苷酸重復次數(shù)范圍只有4次、為最小。隨著重復基元重復次數(shù)的增加,二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸重復基元的數(shù)量和重復基元總數(shù)呈明顯下降趨勢。
  2.通過引物開發(fā),從64對設計的引物中篩選出了18對EST-SSR多態(tài)性引物。引物多態(tài)性對應的重復基元中,二核苷酸重復類型有1個,三核苷酸重復類型有8個,四核苷酸重復類型有6個,五核苷酸重復類型有

4、1個,六核苷酸重復類型有2個。
  3.用所篩選的18對多態(tài)性EST-SSR引物對12份花椒種質進行PCR擴增,共擴增出81條條帶,其中多態(tài)性條帶73條,多態(tài)率為90.12%;經(jīng)計算各花椒種質間遺傳形似系數(shù)范圍為0.5526-0.8947;用UPGMA法進行聚類分析,在相似系數(shù)為0.70處,所有花椒品種分為三類,即項壇花椒為第Ⅰ類,竹葉椒為第Ⅱ類,其他花椒為第Ⅲ類。
  4.用所篩選的18對引物對12個花椒種質進行種質資源鑒

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