1、一直以來抗病育種都是養(yǎng)豬業(yè)的重要工作之一，提高豬自身免疫能力是從根源上提高豬的抗病能力。T淋巴細(xì)胞是淋巴細(xì)胞的重要組成部分，在免疫調(diào)節(jié)功能上扮演重要角色，但與其相關(guān)的研究多涉及單基因或重要的信號(hào)通路，而近年來高通量測(cè)序技術(shù)迅速發(fā)展，從全基因組角度解析T淋巴細(xì)胞的作用機(jī)理很有必要。CD4/CD8 T淋巴細(xì)胞在胸腺的發(fā)育經(jīng)歷雙陰性、雙陽(yáng)性和單陽(yáng)性三個(gè)時(shí)期，不同分化時(shí)期基因的表達(dá)可能存在差異。本研究旨在采集新鮮的仔豬胸腺組織，制備胸腺細(xì)胞懸浮

2、液，標(biāo)記CD3、CD4、CD8流式抗體，利用流式細(xì)胞術(shù)分選胸腺CD4/CD8四類T淋巴細(xì)胞，經(jīng)過單類細(xì)胞測(cè)序，分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，挖掘差異表達(dá)基因，為探究T細(xì)胞發(fā)育的相關(guān)分子機(jī)制提供參考依據(jù)。得到的具體結(jié)果如下:
　　(1)采集仔豬胸腺組織，通過酶消化處理，制備成細(xì)胞懸浮液，通過流式細(xì)胞術(shù)分選得到CD4-CD8-、CD4+CD8+、CD4+ CD8-和CD4-CD8+四類T淋巴細(xì)胞。
　　(2)利用單類細(xì)胞測(cè)序得到胸腺CD4/C

3、D8 T淋巴細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)并進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)DN-DP、DP-CD4單陽(yáng)、DP-CD8單陽(yáng)三個(gè)發(fā)育階段有大量的差異表達(dá)基因。
　　(3)按照發(fā)育主線分析差異基因的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)很多差異基因，在T細(xì)胞雙陰性至雙陽(yáng)性發(fā)育階段，129個(gè)基因顯著上調(diào)，125個(gè)基因顯著下調(diào);雙陽(yáng)性到CD4單陽(yáng)性分化階段，基因表達(dá)情況為顯著上調(diào)的44個(gè)，顯著下調(diào)的104個(gè);雙陽(yáng)性到CD8單陽(yáng)性T細(xì)胞分化時(shí)期，顯著上調(diào)的基因?yàn)?5個(gè)，顯著下調(diào)的為76個(gè);DN-DP

4、-CD4和DN-DP-CD8發(fā)育階段基因差異表達(dá)可分為9種情況，每種情況的差異基因不等。
　　(4)基因表達(dá)在DN—DP階段差異不顯著時(shí)，DP—CD4 SP階段顯著下調(diào)與DP—CD8 SP階段顯著下調(diào)的基因有8個(gè)相同的，SLA-DQA、PTCRA、ADM5、ID1、DCK、ARPP21、XKRX、TRIM58;DP—CD4 SP階段顯著上調(diào)與DP—CD8 SP階段顯著上調(diào)的基因有1個(gè)相同的，IL17R?；虮磉_(dá)在DN—DP階段顯著

5、上調(diào)時(shí)，DP—CD4 SP階段顯著下調(diào)與DP—CD8 SP階段顯著下調(diào)基因有12個(gè)相同的，C1QA、 PCD1B、CD1D、EPCAM、GSX2、COL5A2、FABP6、CD1A、RAG1、RORC、BST1、C17(f67)，其中DP至CD4階段顯著下調(diào)的基因中有CD8A、CD8B，DP至CD8階段顯著下調(diào)基因中有CD4。
　　(5)對(duì)T細(xì)胞分化的三個(gè)階段的差異基因開展GO富集分析，發(fā)現(xiàn)差異基因均參與免疫系統(tǒng)過程，調(diào)節(jié)細(xì)胞活化