1、隨著科技進(jìn)步和社會(huì)生產(chǎn)的發(fā)展,豬的育種方法也在不斷改進(jìn),以功能基因組學(xué)、分子標(biāo)記輔助育種和轉(zhuǎn)基因技術(shù)等分子育種技術(shù)逐步與傳統(tǒng)的育種方法緊密結(jié)合并作為生物科技的前沿領(lǐng)域,已成為當(dāng)代豬育種的重要方向。大量生物信息學(xué)的發(fā)展和公共數(shù)據(jù)資源庫(kù)的共享,為分離、定位和篩選具有影響豬性狀的基因提供了新的思路。本論文通過(guò)候選基因的方法,并結(jié)合豬的EST信息和比較基因組的策略,分離鑒定豬3個(gè)與脂肪沉積相關(guān)的新基因,并對(duì)基因與部分性狀進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析和結(jié)構(gòu)功能

2、域的預(yù)測(cè),取得了如下結(jié)果:
　　 1.依據(jù)候選基因法,通過(guò)豬EST信息庫(kù)釣取從GenBank中搜索豬的同源EST,由EST構(gòu)成的連接群(contig)設(shè)計(jì)引物,從通城豬基因組中分離克隆三個(gè)基因片段為:過(guò)氧化物2,3-二烯酰CoA異構(gòu)酶(PECI)、wingless-type MMTV integrationsite family,member10B(WNT10B)、dickkopf homolog1(DKK1)基因,將DNA序列

3、提交到NCBI的GenBank,GenBank收錄號(hào)分別為DQ291159,DQ518413,DQ517932。
　　 2.通過(guò)電腦克隆策略結(jié)合RACE技術(shù),獲得了PECI基因的全長(zhǎng)cDNA,通過(guò)結(jié)合豬EST信息擴(kuò)增測(cè)序出較完整的豬DKK1基因的基因組信息,并分別對(duì)相應(yīng)的氨基酸序列和蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)、功能進(jìn)行了初步分析和預(yù)測(cè)。豬的PECI、DKK1基因的氨基酸序列與人的該氨基酸序列同源性分別達(dá)81％和84％。
　　 3.采用

4、半定量RT-PCR方法檢測(cè)了PECI、WNT10B和DKK1基因在豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、肌肉、脂肪等七個(gè)組織中的表達(dá)情況,結(jié)果表明PECI基因在所檢測(cè)的組織中廣泛表達(dá),WNT10B和DKK1基因在脂肪組織中表達(dá)量相對(duì)較高,為了解早期胚胎期該基因在肌肉中的分布情況,對(duì)PECI和DKK1基因進(jìn)行了時(shí)空表達(dá)譜分析,研究表明PECI基因在早期的表達(dá)是一個(gè)上升的過(guò)程,而對(duì)于DKK1基因早期只在肺臟組織中表達(dá)。
　　 4.對(duì)PEC

5、I基因和DKK1兩個(gè)基因的氨基酸序列進(jìn)行了功能結(jié)構(gòu)域、跨膜結(jié)構(gòu)、親水性和疏水性的預(yù)測(cè),利用網(wǎng)上CLUSTAL軟件進(jìn)行多序列比對(duì),采用DNASar軟件的CLUSTAL W方法進(jìn)行相關(guān)的進(jìn)化樹(shù)分析。
　　 5.用豬×嚙齒類體細(xì)胞雜種板和豬×倉(cāng)鼠輻射雜種板將新分離的3個(gè)基因分別進(jìn)行了染色體的區(qū)域定位和精細(xì)定位。定位結(jié)果如下:PECI基因定位于SSC7p13,與S0383緊密連鎖,LOD=12.84；WNT10B基因定位于SSC5p11

6、-p15,與SW439緊密連鎖,LOD=5.09；DKK1基因定位于SSC14q25-q26,與SW1552緊密連鎖,LOD=6.74。
　　 6.采用PCR-RFLP方法檢測(cè)了PECI、WNT10B兩個(gè)基因3’-UTR區(qū)的多態(tài)性并進(jìn)行了其與豬生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn):①PEC1基因PvuⅡ-RFLP位點(diǎn)不同基因型在臀部背膘厚、平均背膘厚和肌肉顏色三個(gè)重要性狀存在顯著差異(P<0.05)；WNT10B基因Cfr42I-RFL

7、P位點(diǎn)與腿臀肉骨率存在顯著關(guān)聯(lián)(P<0.05),眼肌面積達(dá)到極顯著水平(P<0.01)。②PECI基因PvuⅡ-RFLP位點(diǎn)的CT基因型個(gè)體與TT基因型個(gè)體肌肉顏色差異極顯著(P<0.01)；CC基因型個(gè)體與TT基因型個(gè)體臀部背膘厚差異極顯著(P<0.01),在三點(diǎn)平均背膘厚和肌肉顏色差異顯著(P<0.05);CC基因型個(gè)體與CT基因型個(gè)體三點(diǎn)平均背膘厚差異顯著(P<0.05)。③WNT10B基因Cfr42I-RFLP位點(diǎn)的CT基因型個(gè)