1、肌內(nèi)脂肪(IMF)為豬育種中的重要經(jīng)濟(jì)指標(biāo)，對(duì)于其分子機(jī)理的探究具有重要的實(shí)際意義。首先通過(guò)cDNA末端快速擴(kuò)增(RACE)的方法獲得了8628-bp的候選基因NUDT3基因cDNA全長(zhǎng)序列，分析顯示該基因編碼的蛋白質(zhì)共含有172個(gè)氨基酸。表達(dá)分析顯示NUDT3在背最長(zhǎng)肌組織中表達(dá)量最高。
　　隨后又對(duì)NUDT3、AOC3、PPARG1及SOD3及NTN1這幾個(gè)肌內(nèi)脂肪候選基因進(jìn)行了甲基化程度分析。試驗(yàn)以大白豬×民豬設(shè)計(jì)資源群體F

2、2代IMF極高值與極低值個(gè)體為研究對(duì)象，選取背最長(zhǎng)肌組織，采用BSP(Bisulfite Sequencing PCR)法測(cè)序，分析甲基化程度與IMF性狀的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果五個(gè)候選基因所檢測(cè)區(qū)段內(nèi)甲基化程度在肌內(nèi)脂肪極高、極低組間均未出現(xiàn)顯著性差異，這表明該群體內(nèi)的 IMF表型差異可能并不是由這幾個(gè)候選基因的甲基化程度的變化引起的，這些候選基因影響豬IMF性狀的分子機(jī)制尚需進(jìn)一步的研究工作。
　　此后以同一資源群體的IMF值極高組與極

3、低組個(gè)體為研究對(duì)象，采用全基因組重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(WGBS)法分析構(gòu)建高低組背最長(zhǎng)肌組織甲基化圖譜，分析DNA甲基化對(duì)IMF表型值的影響，從而進(jìn)一步探究甲基化對(duì)肌內(nèi)脂肪相關(guān)性狀的調(diào)控機(jī)制。WGBS法獲得的豬背最長(zhǎng)肌組織全基因組甲基化圖譜精確度到達(dá)了單堿基水平。結(jié)果顯示甲基化有96％以上均發(fā)生于CpG區(qū)，該區(qū)域內(nèi)甲基化程度在各染色體上均保持在60%左右，一般與染色體長(zhǎng)度成反比?；蚬δ軈^(qū)域內(nèi)的甲基化程度在整個(gè)內(nèi)含子區(qū)與啟動(dòng)子區(qū)內(nèi)上游位

4、置最高，可能預(yù)示著甲基化發(fā)生調(diào)控作用的位置；CpG、CHG位點(diǎn)的甲基化發(fā)生無(wú)序列環(huán)境偏好，而CHH位點(diǎn)上游相鄰序列為TN的概率較高，可用于甲基化預(yù)測(cè)。對(duì)IMF高低組中甲基化DMR的水平分布分析發(fā)現(xiàn)，DMR長(zhǎng)度主要為300-400 bp，低組中甲基化程度處于平均水平的DMR數(shù)量要少于高組，但極值區(qū)DMR數(shù)量卻高于高組，表明甲基化程度異常可能會(huì)導(dǎo)致IMF值降低。GO富集分析結(jié)果顯示，在本試驗(yàn)中與已知GO數(shù)據(jù)庫(kù)中功能區(qū)域相關(guān)性顯著的DMR相關(guān)

5、基因共有一萬(wàn)余個(gè)，所在區(qū)域在細(xì)胞組分、生物學(xué)過(guò)程以及分子功能這三大類中均有涉及，且大多與細(xì)胞發(fā)育、蛋白質(zhì)結(jié)合、信號(hào)調(diào)節(jié)以及細(xì)胞骨架的構(gòu)成等功能有關(guān)，為探究甲基化對(duì)與脂肪沉積等相關(guān)性狀的調(diào)控作用機(jī)理提供了良好的素材。本研究經(jīng)IMF高低組內(nèi)與組間DMR區(qū)域比對(duì)，共定位11個(gè)顯著甲基化差異區(qū)域。在該范圍定位到的7個(gè)已知基因ACTG1，UBB，NMD3， SUPV3L1，TUBA1A，TUBA1B與JUN需要更多的后續(xù)研究來(lái)了解其在甲基化在肌內(nèi)