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![牛胚胎中抗氧化相關lncRNA表達分析及細胞水平功能初探.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/1/8/9bcfc8ee-952c-48ae-bd6d-5653db789824/9bcfc8ee-952c-48ae-bd6d-5653db7898241.gif)
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文檔簡介
1、眾所周知,哺乳動物體外胚胎的發(fā)育率遠遠低于體內(nèi)胚,其妊娠率低和胎兒流產(chǎn)率高均成為牛體外胚胎廣泛應用于養(yǎng)牛業(yè)的制約因素,進而影響農(nóng)牧民的收入和我國畜牧業(yè)經(jīng)濟的健康、快速和可持續(xù)發(fā)展。為提高體外胚胎的質量,抗氧化劑谷胱甘肽(glutathione,GSH)常被用來清除胚胎中的氧自由基,對胚胎發(fā)育有至關重要的作用。然而,GSH對胚胎整個轉錄組水平的影響還不清楚。近年來,隨著長鏈非編碼RNA(lncRNA)的不斷發(fā)現(xiàn),其調(diào)控作用也成為研究的熱點
2、和焦點。本文采用單細胞測序技術,對GSH處理后的牛體外受精胚胎進行轉錄組測序;獲得的lncRNA進行生物信息學分析,揭示其在早期胚胎抗氧化方面的功能,尋找其中起關鍵作用的調(diào)控分子或序列。
試驗一,通過體外受精方法制備牛胚胎,并培養(yǎng)于含有3 mM GSH的培養(yǎng)液中;分別收集處于8~16-細胞期和桑椹期的胚胎,以非添加組為對照。每個樣品收集20枚胚胎,并做兩個生物學重復。采用HiSeq2000測序平臺,獲得lncRNA序列,并對其
3、進行生物信息學分析。測序共得到4273個lncRNAs,其中62%來源基因間區(qū);且其在各個染色體的分布沒有明顯的偏好性,說明lncRNAs的轉錄是全基因組范圍的。lncRNA的平均表達值、平均長度和平均外顯子個數(shù)都與已知lncRNA一致,證明測序鑒定lncRNA的可靠性。進一步篩選出23個在對照組上調(diào)而處理組下調(diào)的lncRNAs,36個在對照組下調(diào)而處理組上調(diào)的lncRNAs。
試驗二,在對照組和處理組中,23個lncRNAs
4、分別與599個和2554個蛋白編碼基因共表達,這些基因分別涉及25個和71個功能分類,且主要參與6條和8條信號通路。36個lncRNAs分別與對照組的483和處理組的609個蛋白質編碼基因共表達,分別涉及18個和33個功能分類,主要參與5條和10條信號通路。另外,發(fā)現(xiàn)14個lncRNAs共表達的差異基因參與谷胱甘肽代謝通路。對23個lncRNAs的臨近基因(上下游300 kb)進行GO注釋,發(fā)現(xiàn)其參與35個功能分類;而36個lncRNA
5、s的臨近基因則參與43個功能分類。選取8個lncRNAs進行實時熒光定量PCR,與測序結果進行Fold Change比較,結果其中4個在處理組下調(diào),其余4個則上調(diào),與測序結果一致,說明測序結果的可靠性??梢?,在體外培養(yǎng)液中添加GSH,對牛早期胚胎的lncRNA表達譜有顯著影響,但其對胚胎發(fā)育的作用及其機制還需要進一步研究。
試驗三,建立牛顆粒細胞細胞系,經(jīng)過3 mM和5 mM GSH處理后,采用熒光定量PCR檢測4個lncRN
6、As及6個谷胱甘肽合成和代謝相關基因在其中的表達水平。結果不同濃度的外源GSH均導致CUFF.152963.1和CUFF.30537.1的表達量顯著下調(diào);5mM GSH則顯著提高顆粒細胞中CUFF.33095.2的表達水平,而對CUFF.42178.2的表達沒有影響;3 mM GSH卻對CUFF.33095.2和CUFF.42178.2均沒有顯著影響。同時,3mM和5 mM GSH的處理均顯著影響顆粒細胞中GCLC、GCLM、 GSTA
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