1、丙型肝炎直接抗病毒治療藥物（DAA）的批準使用是丙型肝炎（Hepatitis C）治療史上的一次旅程碑。但是病毒選擇性突變的出現(xiàn)，使得治療過程中病毒對藥物產(chǎn)生耐受性，而導致治療的失敗。因此，探究丙型肝炎治療過程中病毒對藥物產(chǎn)生耐藥的機制非常重要，其對于未來抗耐藥性抑制劑的設計和開發(fā)具有重要的理論指導意義。
　　在本論文中，我們選擇了丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus，HCV）直接抗病毒治療的關鍵靶點NS3/4A蛋白酶

2、作為研究對象。首先，通過分子動力學（molecular dynamics，MD）模擬、MM/GBSA（Molecular Mechanics/Generalized Born Surface Area）結合自由能計算，定量分析和比較了HCV NS3/4A蛋白酶與天然底物肽（4A4B、4B5A、5A5B）或抑制劑（telaprevir、boceprevir、simeprevir、ITMN191和 BI201335）結合能力和結合模式的差異

3、，結果顯示：與耐藥性相關的蛋白酶的氨基酸殘基與抑制劑之間的相互作用明顯要高于這些殘基與天然底物肽之間的相互作用，而且導致耐藥性的氨基酸殘基的突變對抑制劑的影響也明顯高于該突變對天然底物肽的影響。另外，計算還發(fā)現(xiàn)NS3/4A的天然底物肽與NS3/4A蛋白酶的區(qū)域135-139及區(qū)域154-160之間的相互作用可以達到一個較好的平衡，但是臨床使用的抑制劑卻不能。因此，為了克服耐藥性，我們認為實現(xiàn)候選藥物與這兩段片段之間相互作用的平衡非常關鍵

4、。
　　論文第二部分，采用MD、MM/GBSA結合自由能計算方法，并結合傘形采樣模擬（Umbrella Sampling，US）研究了丙型肝炎NS3/4A蛋白酶的耐藥突變（A156T、D168A、D168V、R155K）對抑制劑MK5172產(chǎn)生耐藥性的分子機制。MM/GBSA能量計算方法得到的結合自由能（ΔGbind）與傘形采樣模擬計算的PMFs（Potentials of Mean Force）有很好的線性相關性，并且與實驗數(shù)據(jù)

5、結果一致。傘形采樣結果顯示，MK5172與突變后的NS3/4A蛋白酶的結合/解離路徑與野生型NS3/4A蛋白酶的結合/解離路徑不同。NS3/4A蛋白酶氨基酸殘基突變后，MK5172與蛋白酶之間的相互作用發(fā)生變化，導致MK5172與NS3/4A蛋白酶的結合力在催化三角區(qū)、區(qū)域135-139以及區(qū)域154-160不平衡分布，最終引起了MK5172結合路徑的改變。如果突變后的路徑使MK5172不能順利進入結合口袋，那么病毒就對MK5172產(chǎn)生