散發(fā)型嗜鉻細胞瘤染色體變化的實驗研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:
   對散發(fā)型的嗜鉻細胞瘤病例的全基因組DNA拷貝數異常(Copynumbervariations,CNVs)進行系統(tǒng)分析,在1號染色體上精確定位發(fā)生缺失的染色體片段,從而準確地獲得與散發(fā)型嗜鉻細胞瘤密切相關的染色體區(qū)域。為進一步尋找散發(fā)型嗜鉻細胞瘤的易感基因奠定基礎。
   方法:
   1、收集我院2010-9至2012-1臨床診斷的的39例散發(fā)型嗜鉻細胞瘤病例(包括腫瘤組織和全血中的白細胞1,包括1

2、例惡性病例。
   2、對每例的正常對照組織應用SequenomMassArray時間飛行質譜生物芯片系統(tǒng)進行23個已知遺傳性嗜鉻細胞瘤點基因突變的檢測。
   3、對已知點基因突變檢測正常的散發(fā)型病例,選取14例,應用SNP6.0芯片掃描每一選取病例的腫瘤組織和正常對照組織(外周血的白細胞)基因組,尋找不少于一半的病例發(fā)生拷貝數變化的共同區(qū)域。應用AfFymetrix公司提供的SNP6.0芯片操作流程及質控標準來監(jiān)測實

3、驗過程。對于SNP6.0芯片的掃描數據,先進行信號值的提取和歸納,然后使用Birdseed模型對SNP6.0芯片的掃描數據進行初步降噪處理。同時對等位基因的特異信號進行提取和統(tǒng)計計算,再結合兩者以歸納出基因分型的簇數據,進而求得每一個探針上的LogRRation(IRR)數據,LRR是用來指示拷貝數的指標。通過對整張SNP芯片上探針熒光值的統(tǒng)計學整理和歸納,可以求出在拷貝數為2時探針的平均熒光值。芯片上每個探針(CNV探針)的熒光值與其

4、進行比較后,可以推斷出相應位點的拷貝數變化情況。這樣就可以構建基于全基因組CN數據。對比分析來源于同一病例的腫瘤組織與正常組織(外周血白細胞)染色體變異情況(CNV),從而初步確定與散發(fā)型嗜鉻細胞瘤發(fā)生相關的主要染色體區(qū)域。
   4、然后,通過實時熒光定量PCR(Q-PCR)技術在剩余的散發(fā)型嗜鉻細胞瘤病例中驗證SNP6.0基因芯片確定的發(fā)生缺失的主要染色體片段。將Q-PCR中超過50%的染色體拷貝數發(fā)生變化的區(qū)域作為散發(fā)型嗜

5、鉻細胞瘤的易感基因的熱點區(qū)域。
   5、最后,通過借助UCSC數據庫從這些拷貝數變化的的染色體區(qū)域中尋找與散發(fā)型嗜鉻細胞瘤發(fā)生相關的可能基因。
   結果:
   1、39例中除1例為遺傳型嗜鉻細胞瘤外,其余38例均為散發(fā)型嗜鉻細胞瘤。
   2、14例中,發(fā)生染色體拷貝數變化的染色體區(qū)域包括:有13例發(fā)生DNA缺失,發(fā)生發(fā)生缺失的區(qū)域包括:出現缺失的染色體包括1p、3q、17p、22q、11q。78.

6、6%(11/14)的病例出現1號染色體短臂部分區(qū)域拷貝數的缺失,其中50%病例發(fā)生染色體缺失的區(qū)域為chr1:85592199-85598821,chr1:70877065-70905276,chr1:101491482-101552821;4例出現染色體拷貝數的擴增,擴增的區(qū)域為5q。
   3、Q-PCR驗證發(fā)現多數病例(75%)仍然在chrl:85592199-85598821和chr1:70877065-70905276

7、區(qū)域發(fā)生缺失。
   4、缺失片段中發(fā)現的與散發(fā)型嗜鉻細胞瘤可能相關的的基因共有133個。
   結論:
   1.SNP6.0芯片能夠有效發(fā)現和精確定位散發(fā)型嗜鉻細胞瘤全基因組DNA拷貝數的變化微小區(qū)域,可以精確定位染色體的缺失區(qū)域。
   2.多數散發(fā)型的嗜鉻細胞瘤存在1號染色體部分片段的缺失,提示這些缺失的1號染色體DNA片段上可能存在與散發(fā)型嗜鉻細胞瘤相關的易感基因。DNA發(fā)生缺失可能與散發(fā)型嗜鉻

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