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1、目的:以人源線粒體膜間隙內(nèi)蛋白為主要研究對象,發(fā)掘它們之間的相互作用,構(gòu)建其相互作用網(wǎng)絡(luò)。 方法:采用PCR技術(shù)擴(kuò)增以線粒體膜間隙內(nèi)蛋白為主的蛋白編碼基因,分別將其構(gòu)建酵母雙雜交質(zhì)粒pDBLeu和pPC86的重組載體;應(yīng)用酵母雙雜交技術(shù),分別采用共轉(zhuǎn)酵母法和陣列組合法進(jìn)行相互作用蛋白的篩選,挑取部分陽性結(jié)果用免疫共沉淀或(和)GST-Pull down驗證,并對個別酵母雙雜交陰性但有生物學(xué)意義的相互作用進(jìn)行免疫共沉淀鑒定;采用生
2、物信息學(xué)分析方法對所獲得的相互作用數(shù)據(jù)可信度進(jìn)行分析,并運(yùn)用Cytoscape軟件構(gòu)建出相互作用網(wǎng)絡(luò)圖,在此基礎(chǔ)上通過文獻(xiàn)調(diào)研對相互作用的生物學(xué)意義進(jìn)行深入挖掘。 結(jié)果:成功構(gòu)建了38個誘餌和41個獵物融合基因的酵母雙雜交載體。除去1個有自激活活性的誘餌后,通過酵母雙雜交技術(shù)篩選和免疫共沉淀鑒定共得到涉及36個蛋白間的50對相互作用,其中2對為已知相互作用,從新相互作用中挑取6對以免疫共沉淀或(和)GST-Pull down進(jìn)行
3、驗證,結(jié)果4對陽性,另2對沒有發(fā)現(xiàn)相互作用。對Y2H結(jié)果采用生物信息學(xué)分析,我們發(fā)現(xiàn)有13對相互作用(26%)的誘餌和獵物基因名共同出現(xiàn)在PubMed文獻(xiàn)中;沒有相同的基因敲除表型的相互作用對;12對相互作用蛋白(24.5%)共享第4級或以上GO功能注釋;最后整合多種參數(shù)對每對相互作用進(jìn)行綜合評分,27對相互作用(55%)具有高可信度。 結(jié)論:線粒體膜間隙內(nèi)蛋白間存在復(fù)雜的相互作用網(wǎng)絡(luò),這些新相互作用的發(fā)現(xiàn)為探討線粒體膜間隙內(nèi)一
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