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1、禾本科稗屬(Echinochloa)包含大量能夠?qū)е伦魑锂a(chǎn)量減少的雜草,在全世界范圍內(nèi)廣泛分布,形態(tài)復(fù)雜多樣,分類(lèi)鑒定較為困難。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,DNA序列信息成為了物種研究和進(jìn)化分析的基礎(chǔ),然而至今為止,稗屬的DNA序列信息仍然十分有限。本研究通過(guò)對(duì)稗屬兩個(gè)種水田稗(Echinochloaoryzicola)和稗(Echinochloa crus-galli)新鮮綠色葉片進(jìn)行高通量測(cè)序,利用葉綠體基因組序列的保守性進(jìn)行稗草葉綠
2、體拼接組裝,獲得了兩條完整的稗草葉綠體基因組序列。此外,研究利用葉綠體基因組估算了稗屬的分化時(shí)間,并開(kāi)發(fā)了分子標(biāo)記,為稗屬的全基因組研究奠定了基礎(chǔ)。具體結(jié)果如下:
1.水田稗STB03的葉綠體基因組長(zhǎng)139,891bp,大單拷貝區(qū)(LSC)長(zhǎng)82,108bp,小單拷貝區(qū)(SSC)長(zhǎng)13,205bp,反向重復(fù)區(qū)(IR)長(zhǎng)22,289bp。稗BTS02的葉綠體基因組長(zhǎng)139,800bp,LSC長(zhǎng)82,047bp,SSC長(zhǎng)12,51
3、7bp,IR長(zhǎng)22,618bp。兩條葉綠體基因組之間存在79個(gè)插入缺失和466個(gè)堿基替換位點(diǎn),均包含131個(gè)蛋白編碼基因,其中112個(gè)為單拷貝基因,位于大/小單拷貝區(qū),19個(gè)基因有兩個(gè)拷貝,位于反向重復(fù)區(qū)。
2.通過(guò)葉綠體基因組系統(tǒng)進(jìn)化分析對(duì)稗屬的分化時(shí)間進(jìn)行了估算,得出稗屬與稷屬(Panicum)分化的時(shí)間大約為21.6百萬(wàn)年前(Mya),水田稗與稗的分化時(shí)間大約是3.3Mya。
3.根據(jù)稗草葉綠體基因組trnT-
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