1、單核苷酸多態(tài)性(SNP)是近年來(lái)被認(rèn)為最有發(fā)展?jié)摿Φ牡谌肿訕?biāo)記。本實(shí)驗(yàn)室利用Illumina RNA-seq技術(shù)，從淀粉含量、薯干產(chǎn)量和莖線(xiàn)蟲(chóng)病抗性差異明顯的徐781和徐薯18測(cè)序結(jié)果中已獲得1，386個(gè)SNP候選位點(diǎn)。為開(kāi)發(fā)實(shí)用的SNP標(biāo)記，本研究采用等位基因特異性PCR(AS-PCR)和四引物擴(kuò)增受阻突變體系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)兩種特異性擴(kuò)增的方法以及酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列(CAPS)酶切的方法，檢測(cè)

2、候選SNP位點(diǎn)，確定合適的甘薯SNP分子標(biāo)記檢測(cè)方法，對(duì)其反應(yīng)條件進(jìn)行優(yōu)化，包括反應(yīng)退火溫度、內(nèi)外引物濃度之比和Taq DNA聚合酶用量，并根據(jù)候選SNP位點(diǎn)，設(shè)計(jì)引物，檢測(cè)SNP位點(diǎn)和開(kāi)發(fā)SNP分子標(biāo)記。主要研究結(jié)果如下:
　　1.通過(guò)AS-PCR、Tetra-primer ARMS-PCR和CAPS三種常用的SNP檢測(cè)方法，對(duì)甘薯SNP位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，比較其檢測(cè)可行性和有效性，并對(duì)適宜檢測(cè)方法的反應(yīng)體系進(jìn)行優(yōu)化。結(jié)果表明，Tet

3、ra-primer ARMS-PCR方法能準(zhǔn)確、快速檢測(cè)甘薯SNP位點(diǎn)并進(jìn)行分型，操作步驟簡(jiǎn)單，費(fèi)用低廉，使用25μL的反應(yīng)體系，在每一組引物的最適退火溫度下，內(nèi)外引物濃度之比為0.4μmol/L∶0.2μmol/L，Taq DNA聚合酶用量為1.25 U時(shí)，可以達(dá)到良好的檢測(cè)效果。
　　2.利用徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的候選SNP位點(diǎn)共設(shè)計(jì)了153組Tetra-primerARMS-PCR引物，對(duì)徐781和徐薯18候選S