1、西瓜（Citrullus lanatus），屬葫蘆科西瓜屬一年生蔓性草本植物，原產于非洲。西瓜是世界上重要的水果之一。隨著生活水平的提高，人們對西瓜品質要求也越高。西瓜品質包括外觀、口感及營養(yǎng)等。西瓜果皮的色澤是西瓜果實的品質評價以及種質改良的重要經濟性狀，是現(xiàn)代社會人們在西瓜消費中參考的重要商品特性，因此，優(yōu)質、高產和外觀美麗的西瓜新品種有利于西瓜品種結構的豐富和商品質量的提高，同時也對西瓜的商品性具有很大的影響。
　　本試驗從

2、西瓜黃皮突變型材料、綠皮野生型材料的果實座果期、膨大期及成熟期6份樣品中提取果皮色澤相關基因，運用轉錄組測序技術研究基因的生物學功能?；谵D錄組測序數(shù)據(jù)，我們進行了轉錄組文庫的評估、基因的分析、各個時期差異表達基因的分析結論如下：
　　(1)經過電泳檢測、微量紫外分光光度計定量檢測獲得了符合建庫標準的西瓜果皮總RNA。使用Qubit2.0、Aglient2100對文庫的濃度和插入片段大小進行檢測，用qPCR方法對文庫的有效濃度進行

3、準確定量，檢測和定量確定文庫質量合格。6份樣品轉錄組測序完成之后，除去其中接頭序列及低質量Reads共獲得34.27Gb Clean Data，且各樣品Clean Data均達到4.67Gb，Q30堿基比均在86.85％及以上，轉錄組測序數(shù)據(jù)質量較好。將各樣品的Clean Reads與制定的參考基因組進行序列對比，其比對效率為83.75%到88.11%不等，該轉錄組數(shù)據(jù)能夠滿足信息分析的需求及后期數(shù)據(jù)分析的可靠性，結果比較理想。

4、　　(2)基于參考基因組序列比對結果，進行了可變剪接預測分析，對10550個基因結構進行了基因結構優(yōu)化分析，共發(fā)現(xiàn)基因958個，其中有678個已有功能注釋。
　　(3)在同一時期不同顏色的差異表達基因COG功能分類中，通用功能預測，轉錄，復制、重組和修復，氨基酸轉運和代謝，碳水化合物的運輸和代謝這五種功能的基因數(shù)量較多，其中核結構、細胞運動、細胞外結構在三個時期的對比中均無對應的差異表達基因。GO注釋中，主要是注釋到細胞組成部分中

5、的細胞外基質的組成部分、外區(qū)部分、外區(qū)、細胞外基質，分子功能部分中的核酸結合的轉錄因子的活性、電子載體活動，生物過程部分中的發(fā)育、多生物過程、細胞外基質、蛋白結合的轉錄因子的活性等功能。KEGG注釋中，主要集中注釋到環(huán)境信息處理的植物激素信號轉導、代謝部分中的苯丙合成、代謝部分中的光合作用、代謝部分中的淀粉和蔗糖代謝這幾個通路中。
　　(4)同種顏色不同時期差異表達基因在COG功能分類中，差異表達基因主要為通用功能預測，轉錄，復制

6、、重組和修復，碳水化合物的運輸和代謝，信號轉導機制等基因，而核結構、細胞運動、細胞外結構等在COG功能分類中并無對應的基因。GO注釋中，主要幾種表現(xiàn)在細胞組分的細胞外基質的組成部分和細胞部分，分子功能的蛋白標簽和轉錄因子活性，生物學過程中的細胞殺傷和多生物過程。KEGG注釋中，主要集中注釋在環(huán)境信息處理部分中的植物激素信號轉導、代謝部分中的淀粉和蔗糖代謝、代謝部分的光合作用、代謝部分中的苯丙合成、遺傳信息處理部分中的核糖體、代謝部分中的

7、苯丙氨酸代謝。
　　(5)基于TopHat2比對打分大于等于50；單堿基錯配位點間隔不小于5個堿基；變體識別質量值不低于20；序列測序深度，不低于5x且不高于100x的SNP篩選條件，T01、T02、T03、T04、T05、T06分別獲得了13853個、15617個、14163個、12155個、15108個、18297個可靠的SNP位點。6個樣品轉錄組的SNP分析，在T01中有13852個可靠的SNP位點，在T02中有15617個