乙烯誘導(dǎo)柑橘果實(shí)脫落的轉(zhuǎn)錄基因組學(xué)研究及乙烯誘導(dǎo)基因的克隆和鑒定.pdf_第1頁(yè)
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1、果實(shí)脫落是影響柑橘產(chǎn)量的重要因素之一。乙烯調(diào)節(jié)脫落過(guò)程中細(xì)胞分裂、伸長(zhǎng)、細(xì)胞壁水解等多種細(xì)胞學(xué)、生物化學(xué)進(jìn)程,是主要的脫落激素。乙烯生物合成途徑已經(jīng)闡明。研究指出,柑橘葉片和果實(shí)中都存在兩種乙烯生成系統(tǒng),柑橘葉片在采摘后(老葉3-5天、新葉6-7天)乙烯合成表現(xiàn)為系統(tǒng)Ⅰ,老葉采后5天、新葉采后7天則表現(xiàn)出乙烯自動(dòng)催化等典型的類似躍變型果實(shí)的乙烯生成系統(tǒng)Ⅱ的特征;柑橘作為一種非躍變型的果實(shí),成熟果實(shí)中只有系統(tǒng)Ⅰ存在,外源乙烯能促進(jìn)成熟相關(guān)

2、的色素變化加快呼吸進(jìn)程;但在幼果中表現(xiàn)出乙烯生成系統(tǒng)Ⅱ類似的特征。為探尋乙烯在柑橘成熟果實(shí)脫落過(guò)程中的作用機(jī)理,本研究進(jìn)行了乙烯誘導(dǎo)下柑橘果實(shí)離層的表達(dá)譜分析,柑橘PRP、ERF和半胱氨酸蛋白酶基因全長(zhǎng)cDNA克隆、表達(dá)分析和柑橘PRP、ERF、半胱氨酸蛋白酶基因RNAi載體的構(gòu)建及轉(zhuǎn)化等研究。
   1.乙烯誘導(dǎo)下柑橘果實(shí)離層的表達(dá)譜分析
   利用Citrus Genome Array研究了在外源乙烯(20μL/L)

3、誘導(dǎo)下柑橘果實(shí)離層的基因表達(dá)譜,在30395個(gè)達(dá)到探針對(duì)閥值(8對(duì))要求的探針組中,檢測(cè)到20639探針組對(duì)應(yīng)的基因表達(dá)。應(yīng)用GCOS軟件系統(tǒng)進(jìn)行數(shù)據(jù)管理、RMA進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理、隨機(jī)方差模型的單因素方差分析法分析實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組間的差異基因之后,發(fā)現(xiàn)在FDR(false-discovery rate)≤0.02水平上乙烯處理4h、24h后分別有569和356條基因表達(dá)量的變化倍數(shù)≥4。其中,4h乙烯處理后表達(dá)量上調(diào)的有243條,處理24h

4、后上調(diào)表達(dá)的有176條;而對(duì)應(yīng)時(shí)間內(nèi)表達(dá)量下調(diào)的則分別有326條和190條。分析了隨機(jī)挑選的16條基因,所得結(jié)果與芯片數(shù)據(jù)高度一致。根據(jù)基因功能分類,發(fā)現(xiàn)這些乙烯應(yīng)答基因涉及協(xié)迫應(yīng)答、生物或非生物刺激、蛋白質(zhì)代謝、物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄等多種生物學(xué)過(guò)程。經(jīng)過(guò)基因本體(Gene Ontology,GO)分析,差異表達(dá)基因中,發(fā)現(xiàn)富含羥脯氨酸蛋白-4(PRP4,proline-fich protein4)基因、乙烯響應(yīng)因子1(ERF1,e

5、thylene response factor1)基因和半胱氨酸蛋白酶(CysP,cysteine proteinase)基因高度受到乙烯調(diào)控,它們?cè)诟涕俟麑?shí)脫落中所起的作用值得關(guān)注,因而被挑選出來(lái)進(jìn)一步分析。
   2.柑橘CsPRP4、CsERF1、CsUnknow和CsCysP基因全長(zhǎng)cDNA克隆和表達(dá)分析
   根據(jù)HarvEst Citrus(Version1.25)數(shù)據(jù)庫(kù)提供的CsPRP4、CsERF1、Cs

6、Unknow和CsCysP序列信息設(shè)計(jì)了PCR引物,采用RT-PCR和SMART RACE技術(shù)和克隆操作,獲得了這些基因的全長(zhǎng)cDNA序列。
   序列分析結(jié)果顯示,這4個(gè)基因的全長(zhǎng)cDNA長(zhǎng)度分別是1251bp、1453bp、1545bp和1452bp,開放閱讀框(ORF)的長(zhǎng)度分別是585bp、810bp、1101bp和1050bp,分別編碼194、269、365和347個(gè)氨基酸,相應(yīng)的推測(cè)分子量分別是20.79KD、29.

7、25KD、41.6KD和38.4KD。蛋白理化性質(zhì)分析表明CsPRP4和CsERF1性質(zhì)穩(wěn)定,而CsUnknow和CsCysP不穩(wěn)定。
   生物信息學(xué)和基因差異表達(dá)分析表明:CsPRP4是受外源乙烯誘導(dǎo)表達(dá)量上升最強(qiáng)烈的編碼細(xì)胞壁蛋白的基因,在葉片和果實(shí)離層均表達(dá),受乙烯誘導(dǎo)后的葉片和果實(shí)離層表達(dá)存在差異;CsERF1是AP2超基因家族成員,具轉(zhuǎn)錄因子活性,在乙烯誘導(dǎo)下表達(dá)量大量增加,CsERF作為乙烯信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的中間組分,

8、具有結(jié)合GCC-box的活性,通過(guò)與乙烯應(yīng)答基因啟動(dòng)子中的GCC-box結(jié)合調(diào)控下游基因表達(dá),可能是最終導(dǎo)致脫落的關(guān)鍵因子之一;CsUnknow基因,定位于內(nèi)膜系統(tǒng),具有GCC-box結(jié)合域,受乙烯強(qiáng)烈誘導(dǎo),功能未知;CsCysP蛋白,是重要的水解蛋白酶之一,具有肽鏈內(nèi)切酶活性,是一種跨膜蛋白,定位于液泡膜上。外源乙烯作用下,CsCysP在柑橘果實(shí)離層中受到強(qiáng)烈抑制,推測(cè)其負(fù)調(diào)控下游的脫落相關(guān)基因,受其作用的某些蛋白質(zhì)的積累可能是脫落過(guò)

9、程所必須的。
   3.柑橘CsPRP4、CsERF1和CsCysP基因RNAi載體的構(gòu)建及轉(zhuǎn)化
   采用RT-PCR方法擴(kuò)增柑橘目的基因PRP4、ERF1和CysP的cDNA片段,連接到TA克隆載體。雙元載體pFGC5941和目的基因的克隆經(jīng)限制性內(nèi)切酶兩次雙酶切,將目的基因片段按正、反向插入到pFGC5941查耳酮合成酶內(nèi)含子的兩端,構(gòu)成反向重復(fù)序列,即RNA干涉載體。通過(guò)菌液PCR、酶切檢驗(yàn)或測(cè)序等證實(shí)正、反向基

10、因片段均已正確插入到載體中。研究中保留了采用該法構(gòu)建的全長(zhǎng)正向片段與pFGC5941相連接后得到的產(chǎn)物,以用于基因的過(guò)量表達(dá)研究。采用根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)基因法得到了大量抗性芽,其中部分已經(jīng)嫁接成活,為下一步研究在干擾和過(guò)量表達(dá)這些基因后的表型打下了基礎(chǔ)。
   4.主要結(jié)論
   本實(shí)驗(yàn)在轉(zhuǎn)錄水平上大規(guī)模地研究了外源乙烯誘導(dǎo)下柑橘果實(shí)離層的基因表達(dá)譜的變化,獲得了大量潛在的參與脫落進(jìn)程的基因及其表達(dá)數(shù)據(jù)。在全面綜合分析這

11、些數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,基本明確了參與脫落過(guò)程的生理生化過(guò)程,加深了對(duì)乙烯在誘導(dǎo)柑橘果實(shí)脫落過(guò)程中基因調(diào)節(jié)等分子機(jī)理的認(rèn)識(shí)。
   克隆獲得了4條在柑橘果實(shí)脫落過(guò)程中受到強(qiáng)烈調(diào)控的基因CsPRP4、CsERF1、CsUnknow和CsCysP的全長(zhǎng)cDNA。對(duì)這些基因進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,結(jié)合表達(dá)分析,推測(cè)了其在脫落過(guò)程中可能的作用。
   構(gòu)建了CsPRP4、CsERF1、CsUnknow和CsCysP基因的過(guò)量表達(dá)載體和RN

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