柑橘黃龍病菌三種分子檢測(cè)方法的比較及其與伴生細(xì)菌雙重定量PCR檢測(cè)體系構(gòu)建.pdf_第1頁(yè)
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1、柑橘黃龍?。–itrus Huanglongbing,HLB)又稱(chēng)黃梢病、黃枯病、青果病,是世界柑橘生產(chǎn)上最具毀滅性的一種系統(tǒng)性病害。迄今,HLB已危害到了亞洲、非洲、南美洲和北美洲的40多個(gè)國(guó)家的柑橘產(chǎn)業(yè),在我國(guó)南方地區(qū),柑橘黃龍病的蔓延甚至已經(jīng)導(dǎo)致部分地區(qū)柑橘產(chǎn)業(yè)的毀滅。HLB病原是一種專(zhuān)性寄生于韌皮部篩管細(xì)胞內(nèi)、難培養(yǎng)的革蘭氏陰性細(xì)菌,屬于變形菌門(mén)(Proteo-bacteria),α-變形菌綱(Alphaproteobacter

2、ial),韌皮部桿菌屬(Liberibacter)。柑橘黃龍病主要通過(guò)柑橘木虱和帶菌接穗苗木進(jìn)行傳播,由于全球變暖,柑橘木虱分布范圍擴(kuò)大,病發(fā)柑橘產(chǎn)區(qū)面積亦有擴(kuò)大趨勢(shì)。柑橘黃龍病為積年流行病害,植株感病后潛伏期長(zhǎng),流行速度相當(dāng)迅速,由此柑橘黃龍病的早期正確診斷對(duì)于病害的防治意義重大。
  有關(guān)黃龍病的檢測(cè)診斷、檢測(cè)方法經(jīng)歷了從傳統(tǒng)生物學(xué)方法檢測(cè)到分子生物學(xué)檢測(cè)、從只能定性檢測(cè)到定性基礎(chǔ)上的定量檢測(cè)的發(fā)展過(guò)程。20世紀(jì)90年代后,隨

3、著PCR技術(shù)廣泛進(jìn)入檢測(cè)檢驗(yàn)領(lǐng)域,黃龍病由于難于獲得純培養(yǎng),利用PCR方法檢測(cè)幾乎成為唯一通用的辦法,已經(jīng)有了利用常規(guī)PCR、實(shí)時(shí)熒光定量PCR以及巢式 PCR檢測(cè)柑桔黃龍病菌的相關(guān)報(bào)道。本研究利用A.Hocquellet依據(jù)rplKAJL-rpoBC基因族序列所設(shè)計(jì)的能夠區(qū)別擴(kuò)增柑橘黃龍病菌亞洲種和非洲種引物對(duì)A2和J5建立了新的巢式PCR檢測(cè)方法,并將該方法與目前較為通用的常規(guī)PCR方法和實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法進(jìn)行比較,分析比較常規(guī)

4、PCR、SYBR GreenⅠ熒光定量PCR和巢式PCR三種檢測(cè)體系對(duì)柑橘黃龍病菌檢測(cè)的特異性、靈敏性、準(zhǔn)確性和實(shí)用性等各項(xiàng)參數(shù);并采用巢式PCR和SYBR GreenⅠ熒光定量PCR對(duì)廣西定點(diǎn)柑橘園疑似柑橘黃龍病樣品進(jìn)行實(shí)際檢測(cè),比較了兩種檢測(cè)體系的陽(yáng)性檢出率。以期為柑橘黃龍病早期診斷、病原菌動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)的檢驗(yàn)檢疫方法的選擇提供參數(shù)依據(jù)。
  由于HLB病原菌為革蘭氏陰性難培養(yǎng)菌,尚無(wú)法人工分離培養(yǎng),國(guó)內(nèi)外雖有少數(shù)幾則柑橘黃龍病菌體

5、外成功培養(yǎng)的相關(guān)報(bào)道,但并沒(méi)有獲得認(rèn)同。目前的技術(shù)攻關(guān)主要集中于柑橘黃龍病菌與其寄主植物內(nèi)生菌的共培養(yǎng),揭示黃龍病菌與內(nèi)生細(xì)菌之間的中相互作用,有利于黃龍病菌體外人工培養(yǎng)的研究。本研究從Genbank中篩選柑橘黃龍病罹病植株伴生細(xì)菌16S rRNA基因序列,進(jìn)行生物信息學(xué)分析;并根據(jù)引物和探針的設(shè)計(jì)原則尋找不同細(xì)菌種屬間的保守片段,設(shè)計(jì)篩選適合實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)的細(xì)菌通用引物和能區(qū)分革蘭氏陰性菌和革蘭氏陽(yáng)性菌的分型探針;構(gòu)建能夠有效

6、區(qū)分罹病柑橘樣品及混合培養(yǎng)體系中革蘭氏陽(yáng)性菌和革蘭氏陰性菌的實(shí)時(shí)熒光定量PCR雙色檢測(cè)體系并優(yōu)化擴(kuò)增條件,以期為柑橘黃龍病菌混合培養(yǎng)及黃龍病菌與寄主植物內(nèi)生菌之間的互作關(guān)系提供有效方法。
  研究所獲得主要結(jié)果如下:
 ?、俦狙芯坎捎媚軈^(qū)別性擴(kuò)增柑橘黃龍病亞洲種和非洲種的A2/J5引物對(duì)為外側(cè)引物,CQULA03F/CQULA03R為內(nèi)側(cè)引物,構(gòu)建了柑橘黃龍病菌巢式 PCR檢測(cè)方法體系,體系靈敏度約為常規(guī)PCR的104倍可達(dá)

7、100ag·μL-1。
 ?、趯?duì)來(lái)自廣西合浦的425個(gè)疑似柑橘黃龍病樣品采用巢式 PCR和SYBR GreenⅠ熒光定量PCR方法進(jìn)行檢測(cè),對(duì)疑似樣品的陽(yáng)性檢出率分別為46.6%、40.0%,二者的符合度大于85.8%,說(shuō)明巢式PCR可以有效檢測(cè)出田間的柑橘黃龍病,但靈敏度略低于SYBR GreenⅠ熒光定量PCR。
 ?、鄹涕冱S龍病疑似樣品的監(jiān)測(cè)體系的靈敏性依次為SYBR GreenⅠ熒光定量PCR>巢式PCR>常規(guī)PCR

8、;巢式PCR由于有兩對(duì)引物進(jìn)行兩次擴(kuò)增反應(yīng),特性?xún)?yōu)于SYBR GreenⅠ熒光定量PCR和常規(guī)PCR。
 ?、茉O(shè)計(jì)了用于實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)的細(xì)菌通用引物2對(duì),篩選出1對(duì)適用于雙重定量PCR反應(yīng)細(xì)菌通用引物;設(shè)計(jì)了革蘭氏陽(yáng)性菌和革蘭氏陰性菌的特異性探針各一對(duì);選用黃龍病菌特異引物和特異探針各一對(duì);優(yōu)化了檢測(cè)反應(yīng)體系的反應(yīng)條件,構(gòu)建了監(jiān)測(cè)混合共培養(yǎng)體系中柑橘黃龍病菌和伴生菌、罹病柑橘植株內(nèi)柑橘黃龍病菌與共生細(xì)菌革蘭氏陽(yáng)性菌或革蘭氏

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