1、育種實(shí)踐中系譜錯(cuò)誤會(huì)造成近交、種質(zhì)退化以及遺傳多樣性的丟失。為探討通過分子手段構(gòu)建分子系譜來修正錯(cuò)誤系譜記錄的可行性，本研究以嶗山奶山羊和萊蕪黑山羊兩個(gè)品種，分別選擇具有系譜記錄的212只和61只個(gè)體為材料，從25個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)中篩選了13個(gè)多態(tài)性較高的微衛(wèi)星位點(diǎn)，用于親權(quán)鑒定和分子系譜的構(gòu)建并對其可靠性進(jìn)行評價(jià)。Cervus2.0軟件計(jì)算這13個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記基因座位上的等位基因數(shù)及頻率、多態(tài)性信息含量（PIC）、群體觀察雜合度（Ho）、期

2、望雜合度（He）、單個(gè)位點(diǎn)的排除概率（EP）和多個(gè)位點(diǎn)的累積排除概率（CEP），并做了Hardy-Weinberg平衡檢測。用Pedigraph2.2軟件，構(gòu)建了以父系為基礎(chǔ)的半同胞家系系譜圖、各群體分子系譜圖，用SPSS軟件分析了每個(gè)位點(diǎn)的單親排除概率和雙親排除概率與PIC、He、Ho、K等多態(tài)性參數(shù)的關(guān)系，并對位點(diǎn)數(shù)及不同親本信息等影響親權(quán)鑒定的因素進(jìn)行了模擬分析，用Molkin、MEGA4及GENECLASS2軟件對所構(gòu)建的分子系

3、譜進(jìn)行遺傳特征分析。結(jié)果表明：
　　 （1）所選用的13個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)在嶗山奶山羊和萊蕪黑山羊兩個(gè)群體中，分別檢測到92和69個(gè)等位基因，平均等位基因數(shù)分別為5.75和7.67個(gè)，除BM302在黑山羊中PIC為0.452外，其它所有位點(diǎn)PIC值在兩個(gè)群體中均超過0.5，平均PIC含量分別為0.687和0.675，屬高度多態(tài)性位點(diǎn)。兩個(gè)群體的平均期望雜合度均較高，分別為0.71.2和0.730。所用的13個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)可用于本研究親子

4、鑒定分析。
　　 （2）親子關(guān)系排除概率在雙親都未知時(shí)，累積非父排除概率分別為0.992072和0.991889，置信度都在80％以上；在父本已知的基礎(chǔ)上進(jìn)行母子親權(quán)鑒定，累積排除概率分別為0.999819和0.999796，置信度都在95％以上，最終從109個(gè)候選母親中找出152個(gè)后裔的母親，并用Pedigraph2.2構(gòu)建了5個(gè)以父系為基礎(chǔ)的家系分子系譜圖以及群體分子系譜圖，通過分子系譜與系譜記錄進(jìn)行比較，在兩個(gè)山羊群體中共

5、發(fā)現(xiàn)5個(gè)個(gè)體與原有系譜記錄不符。
　　 （3）位點(diǎn)刪除結(jié)果表明，在PIC較高的情況下隨位點(diǎn)數(shù)的減少，排除率降低的幅度比PIC較低時(shí)變化小，位點(diǎn)的多態(tài)信息含量保持在0.7左右時(shí)，僅用9個(gè)位點(diǎn)其CEP1和CEP2就能達(dá)到99％，位點(diǎn)PIC在0.6左右時(shí)，則需要11個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，位點(diǎn)數(shù)相同，排除概率因PIC的降低而降低。親權(quán)鑒定中各參數(shù)相關(guān)分析表明，單位點(diǎn)單親排除概率和單位點(diǎn)雙親排除概率跟PIC、He、Ho和K均相關(guān)極顯著，其中與PI

6、C的相關(guān)系數(shù)最大（0.99以上），其次為He和Ho，與位點(diǎn)的等位基因數(shù)目K相關(guān)系數(shù)最小（0.6）。減少親本信息結(jié)果表明，當(dāng)母本信息全部知道、父本信息在50％以上時(shí)，子代的親權(quán)鑒定成功率可以達(dá)到100％，而當(dāng)父本信息已知、母本信息在50％時(shí)，成功率僅為50％左右。
　　 （4）利用Molkin vs3.0軟件分析了家系間的遺傳距離和5個(gè)家系的遺傳參數(shù)，利用MEGA4遺傳分析軟件，基于親緣系數(shù)距離矩陣和共享等位基因距離矩陣，繪制了萊

7、蕪黑山羊和嶗山奶山羊的5個(gè)家系的NJ系統(tǒng)發(fā)育樹。利用GENECLASS2軟件，在99％的水平上，探測到5個(gè)家系中共13只第一世代遷移者，占總分配樣本的4.76％?？傮w上講，在同品種中家系之間均保持一定的遺傳距離，5個(gè)家系都具有較為豐富的遺傳變異，家系內(nèi)個(gè)體間的親緣距離均在0.4以上。嶗山奶山羊個(gè)體與家系內(nèi)其他個(gè)體間的平均親緣關(guān)系明顯大于萊蕪黑山羊，這與萊蕪黑山羊品種每年從社會(huì)群體購買補(bǔ)充、保留有多個(gè)家系有關(guān)的實(shí)際情況相符。