1、種質(zhì)資源遺傳多樣性評價以及種質(zhì)間遺傳關(guān)系的研究一直是玉米育種研究的重要內(nèi)容。明確雜種優(yōu)勢群劃分，發(fā)掘雜種優(yōu)勢配對模式，對于提高玉米育種效率具有十分重要的意義。而構(gòu)建DNA指紋圖譜，將為鑒定品種真?zhèn)魏推贩N保護提供依據(jù)。本研究利用形態(tài)標記和SSR分子標記兩種方法對82份玉米自交系進行了遺傳多樣性分析，并對正紅系列雜交種及其親本進行了指紋圖譜的構(gòu)建，研究結(jié)果表明：
　　 1、用15個表型性狀計算了82個自交系的歐式遺傳距離，各自交系間

2、的平均遺傳距離為50.57，變異范圍為9.05-146.23，平均遺傳距離的數(shù)值較高，且變異幅度較大，說明供試自交系具有較為豐富的遺傳多樣性。以遺傳距離38.06為指標，將82個自交系分為六類。其中，第1類包括27個自交系，占供試自交系的32.9％；第Ⅱ類包括19個自交系，占供試自交系的23.2％：第Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ類分別只有1、3、2個自交系，分別占供試自交系的1.2％、3.7％、2.4％；第Ⅵ類包括30個自交系，占供試自交系的36.6％。

3、自交系形態(tài)標記的聚類結(jié)果與其系譜來源的吻合程度較差，只在很大程度上說明了材料間的形態(tài)差異，不能全面準確反映出自交系間的親緣關(guān)系，其可靠程度較小。
　　 2、利用216對SSR引物對82個玉米自交系進行同源位點擴增，其中63對引物的擴增產(chǎn)物在6％的聚丙烯酰胺凝膠上具有多態(tài)性，帶型穩(wěn)定。這63對SSR標記引物均勻分布于玉米10條染色體上，在82個自交系中共檢測出601個等位基因變異，每對引物檢測到等位基因4～24個，平均為9.5個。

4、每個位點的多態(tài)性信息量(PIC值)變幅為0.4546～0.9169，平均為0.7529。82個自交系的遺傳相似系數(shù)變化范圍在0.5441～0.9334之間，平均為0.6673。
　　 3、根據(jù)遺傳相似系數(shù)矩陣，以遺傳相似系數(shù)0.6735為界，將82份自交系共聚成7大類。82個自交系分為5大常見類群和兩個其他類群，屬于5大類群的自交系占84.1％，其中Reid群占32.9％；PB群占23.2％；Lancaster群占13.4％；唐

5、四平頭群占7，3％；旅大紅骨群占7.3％；其他兩個類群分別占11.0％和4.9％，說明這些材料與其他材料之間遺傳差異較大。對部分已知系譜自交系的親緣關(guān)系分析表明，SSR聚類結(jié)果與系譜追蹤有較好的一致性，可靠性高，對玉米育種具有一定的指導意義。并結(jié)合種質(zhì)類群劃分，對部分育成品種進行了雜種優(yōu)勢模式分析。
　　 4、本研究綜合考慮擴增帶的清晰度及多態(tài)性、條帶多少、引物重復性高低，篩選具有較高多態(tài)性的SSR引物，構(gòu)建了正紅系列玉米雜交種

6、及其親本的指紋圖譜。通過對10份親本材料的分析，篩選出15對多態(tài)性極強且極易識別的引物，從中選出6對核心引物(phi057、umc1380、phi063、umc1061、umc1196、bnlg278)，構(gòu)建了親本自交系的SSR指紋圖譜。對這些親本組配的9個雜交種進行SSR分析，篩選出13對適合正紅系列雜交種的引物，從中選取6對核心引物（phi064、phi101049、phi034、phi328175、umc1228、bnlg1237