甘藍(lán)型油菜-野芥二體異附加系BAC文庫的構(gòu)建及野芥BAC克隆的篩選.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、模式植物基因組學(xué)研究已進(jìn)入后基因組學(xué)時代,即功能基因組學(xué)時代。在我國盡管水稻基因組全序列測序已經(jīng)完成,但總體上非模式植物的研究仍然處于由結(jié)構(gòu)基因組學(xué)向功能基因組學(xué)過度階段,在一段時間內(nèi)我國基因組學(xué)的研究仍將停留在起步階段,如BAC文庫的構(gòu)建及基于BAC的物理作圖等方面的研究。油菜是世界上和我國最重要的油料作物之一,由于其基因組較大,致使其基因組學(xué)的研究滯后于擬南芥等模式植物的研究。本研究利用甘藍(lán)型油菜.野芥二體異附加系(中國農(nóng)科院油料所

2、胡瓊老師已申請專利)為材料,構(gòu)建其BAC文庫,為開展油菜基因組學(xué)的研究奠定一定的技術(shù)平臺。 構(gòu)建大片段DNA文庫的關(guān)鍵技術(shù)包括載體和大片段DNA的制備兩個方面。大量轉(zhuǎn)化后,得到了69120個克隆,這些克隆以單菌落的方式保存于180塊384孔板中,組成單克隆文庫。本文庫插入片段平均為110 kb,以甘藍(lán)型油菜單倍體基因組120.Mb計算,該文庫共覆蓋了6.336倍以上的基因組,篩選到任一基因的可能性大99.82%,另外分別用葉綠體

3、基因psbA及線粒體基因atp6為探針,通過菌落雜交檢測,沒有細(xì)胞器DNA的污染。 基于Southern技術(shù)的菌落原位雜交是分子生物學(xué)的經(jīng)典實驗方法。以打碎的野芥(新疆野生油菜18號)基因組作為探針,分別在無外源基因組做封阻和500倍中雙四號基因組做封阻的條件下,對野芥和中雙四號BAC克隆進(jìn)行雜交,結(jié)果顯示,在無外源基因組做封阻時,野芥克隆均有陽性信號,這些信號中的一部分在500倍中雙四號基因組封阻時消失,說明兩種基因組間有一定

4、的同源序列;此外,野芥和中雙四號部分克隆都出現(xiàn)的強烈陽性信號,并且這些信號的強度基本不受封阻影響。因此,用野芥基因組作探針時,雖能獲得陽性信號,但這些信號是非特異的,無法為后期篩選野芥BAC克隆提供可靠的依據(jù)。 核酸的復(fù)性動力學(xué)研究表明,在真核生物的基因組中存在著大量不同拷貝數(shù)的重復(fù)序列,其中有些是一個種或一個基因組所特有的。以野芥的種特異性重復(fù)序列為探針,對二體異附加系BAC文庫進(jìn)行篩選,就可以得到野芥來源的克隆,為下一步獲得

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