基于SVM算法的癌癥基因數(shù)據(jù)分類研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、癌癥是對人類生命構成嚴重威脅的主要疾病之一,而癌癥的早診斷是提高癌癥患者成活率的關鍵。隨著DNA微列陣技術的飛速發(fā)展,海量的癌癥基因表達數(shù)據(jù)得以積累。在分子生物學的基礎上,如何根據(jù)這些龐大的基因表達數(shù)據(jù)進行癌癥的早期診斷已成為后基因組時代的研究熱點,但是癌癥基因表達數(shù)據(jù)一般都具有高維數(shù)、樣本數(shù)量少、非線性等特征,這就給基因數(shù)據(jù)的分類帶來了很多困難。
  針對以上基因表達數(shù)據(jù)的普遍特征,本文運用一種基于支持向量機的分類方法對癌癥數(shù)據(jù)

2、樣本進行分類。SVM是在統(tǒng)計學理論的基礎上發(fā)展起來的新一代機器學習方法,它采用結構風險化原則,代替了經驗最小化原則,成功應用核函數(shù)將非線性問題轉化為線性問題,在解決有限樣本、非線性及高維模式識別問題中表現(xiàn)出了許多特有的優(yōu)勢。
  盡管SVM有效的解決了欠學習和過學習的問題,但是基因表達數(shù)據(jù)樣本數(shù)少、維數(shù)高的特性對數(shù)據(jù)分類準確度的影響難以避免。如果直接對原始數(shù)據(jù)進行分類,工作量大且得不到比較滿意的結果。因此,數(shù)據(jù)降維就成為癌癥基因數(shù)

3、據(jù)分類的關鍵性問題。本文首先運用數(shù)據(jù)降維方法,對原始基因表達數(shù)據(jù)進行降維,得到較低維度的數(shù)據(jù)之后,再對其進行SVM分類。通過多種降維方法的比較以及SVM參數(shù)的合理設置,可以取得較高的癌癥診斷精度。文章中使用的數(shù)據(jù)降維方法有稀疏主成分分析,廣義判別分析和拉普拉斯特征值映射法等。
  本文的研究重點是如何利用降維方法優(yōu)化數(shù)據(jù),通過選擇兩組網(wǎng)絡公開的數(shù)據(jù)集進行相關實驗,可得對于Prostate Tumor數(shù)據(jù),GDA的降維效果最佳,而對

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