1、基因表達(dá)調(diào)控是當(dāng)今分子生物學(xué)研究的中心內(nèi)容之一。在整個(gè)基因表達(dá)調(diào)控過程中，充滿著蛋白質(zhì)-核酸及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的問題，涉及生命現(xiàn)象的最本質(zhì)內(nèi)容。因此，生物大分子的研究，特別是蛋白質(zhì)-核酸相互作用體系的研究，正從根本上全面地推動(dòng)著生命科學(xué)的發(fā)展。而在計(jì)算機(jī)上模擬研究蛋白質(zhì)-核酸作用的時(shí)候，勢(shì)能函數(shù)的精準(zhǔn)是一個(gè)很重要的基礎(chǔ)。 我們?cè)贒FIRE的基礎(chǔ)上減短了統(tǒng)計(jì)距離，使用了更全面的原子類型，并使用了以貝葉斯統(tǒng)計(jì)原理為基礎(chǔ)的背景統(tǒng)

2、計(jì)小數(shù)修正和為了區(qū)分蛋白質(zhì)核酸原子類型的體積分?jǐn)?shù)修正，從而得到了一種更先進(jìn)的蛋白質(zhì)核酸作用的基于知識(shí)的統(tǒng)計(jì)勢(shì)函數(shù)。在從核酸的Threading，蛋白質(zhì)核酸對(duì)接，自然態(tài)堿基的還原能力，堿基結(jié)合能力矩陣與實(shí)驗(yàn)對(duì)比等各方面驗(yàn)證了它對(duì)別的方法的優(yōu)勢(shì)。 本文的第三章，對(duì)使用小世界網(wǎng)絡(luò)理論來建立用于研究蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模型進(jìn)行了一些探索，研究結(jié)果表明不同的蛋白質(zhì)自然態(tài)經(jīng)過粗?；玫降娜S結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的屬性有一定的規(guī)律性，將來可以被用來建立研究蛋

3、白質(zhì)的新方法。 本文的第四章使用多正則系綜的Monte Carlo方法模擬了6個(gè)珠子的聚兩性電解質(zhì)鏈低溫下的熱力學(xué)性質(zhì)。結(jié)果表明單體上的電荷的數(shù)量和序列對(duì)聚兩性電解質(zhì)鏈的轉(zhuǎn)變行為具有深遠(yuǎn)的影響。對(duì)于隨機(jī)分布的帶電單體，由于單體移動(dòng)的被限制而且鏈可以更直接達(dá)到固態(tài)，帶有相反電荷的單體在塌縮中總會(huì)粘在一起。有趣的是，對(duì)于電荷序列是安排好的單體，鏈也許可以有一個(gè)類蛋白的非退化態(tài)，也就是說，這種鏈?zhǔn)强稍O(shè)計(jì)的。這種聚兩性電解質(zhì)鏈的轉(zhuǎn)變看起