臺西南海盆深海沉積物的微生物多樣性分析和元基因組學研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、海洋微生物是潛在的新物種和天然產物的重要來源。為了研究臺西南海盆北部陸坡區(qū)的微生物多樣性,構建了16S rDNA基因文庫并進行了PCR-RFLP的分析,然后對160個細菌克隆和50個古菌克隆進行了測序,對測序的結果進行了相應的分析,所分析的細菌群體總共有83個OTUs,在群體結構上,Proteobacteria和Planctomycetes是細菌群體中的優(yōu)勢類群,其他的細菌類群分別是Acidobacteria,Actinobacteri

2、a, Chloroflexi,Chlamydiae和Firmicutes。利用測序的細菌序列構建進化樹上,發(fā)現(xiàn)其中有三個潛在的新的細菌類群。在所研究的古菌群體中,所有的克隆都來源于Crenarchaeota門,其中屬于Marine Group I Crenarchaeota的序列最多。為研究和挖掘群體中的基因信息和基因資源,利用總沉積物DNA構建了元基因組fosmid文庫,從文庫中選取了一些克隆進行了RFLP預分析,以觀察文庫克隆的多樣

3、性,隨機選取了大約200個fosmid克隆進行了末端測序。所構建的fosmid文庫大約含有1,000,000個克隆,文庫克隆的平均插入片段為38kb,末端測序的結果顯示文庫中包含了豐富且多樣的基因信息,如碳水化合物代謝、轉運因子等相關的基因信息,這些基因信息為研究微生物群體和環(huán)境之間的關系提高了重要的線索。利用功能為基礎的篩選方法,從元基因組文庫中篩選獲得6個酯裂解基因,其中5個基因是新的酯酶基因,并有一個新的酯酶家族,對酯酶Lip_Y

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