1、蛋白質在人們生活中的作用非常重要,使得蛋白質的研究成為熱點課題。本文應用ABEEMσπ／MM模型對三個蛋白質分別進行了分子動力學模擬。分別計算了模擬得到的結構與實驗晶體結構相比的均方根位移偏差,得到的均方根位移偏差順序為:骨架原子<非氫原子<側鏈原子。這與蛋白質柔性較大的區(qū)域集中在側鏈,比較容易受到外界環(huán)境的影響相吻合。然后計算了三種蛋白質達到平衡后骨架原子的鍵長、鍵角及二面角相對于實驗結構平均的均方根偏差。我們的數(shù)值與用CHARMM力

2、場得到的相應結果很接近,有的比CHARMM力場得到的相應結果小,這說明我們的力場是合理可靠的。在此基礎上,應用ABEEMσπ／MM模型對乙酰膽堿酯酶抑制劑Tacrine(塔克寧)與組胺轉甲基酶進行了分子對接。然后,對四種乙酰膽堿酯酶抑制劑小分子Tacrine、Donpezil、Rivastigmine、Huperzine與乙酰膽堿酯酶的相互作用進行了研究。通過對接計算并優(yōu)化后所得的復合物2aowa,2aowb很好的接近實驗結構。而且得到