1、蛋白質(zhì)是最主要的生命活動過程的載體，執(zhí)行著生物體內(nèi)各種重要功能。對蛋白質(zhì)功能進行自動標注是生物信息學(xué)領(lǐng)域的關(guān)鍵問題，也是后基因時代的核心問題之一。準確地標注蛋白質(zhì)功能，對疾病機理分析與調(diào)控、新藥品研發(fā)、農(nóng)作物促產(chǎn)、生物能源開發(fā)等研究領(lǐng)域都有著極大的促進作用。然而，蛋白質(zhì)功能標注信息來源廣泛，噪聲標注信息不可避免地被引入。這些噪聲功能標注會誤導(dǎo)蛋白質(zhì)相關(guān)功能的分析與應(yīng)用，降低后續(xù)蛋白質(zhì)功能的預(yù)測精度。已有蛋白質(zhì)功能預(yù)測研究更關(guān)注預(yù)測功能信

2、息完全未知蛋白質(zhì)的功能和蛋白質(zhì)的缺失功能，極少關(guān)注蛋白質(zhì)噪聲功能的識別。本文針對蛋白質(zhì)噪聲功能標注識別這一問題進行研究，其主要工作如下：
　?。?）提出了一種基于語義相似度和分類相似度的蛋白質(zhì)噪聲功能識別算法（NoisyGOA）。該方法首先計算蛋白質(zhì)之間的語義相似度和基因本體（Gene Ontology，GO）功能標簽之間的分類相似度，然后計算一個蛋白質(zhì)的每個功能標注與它語義近鄰蛋白質(zhì)的功能標注最大分類相似度之和，最后選擇與這些近

3、鄰蛋白質(zhì)具有最小分類相似度的功能標注為該蛋白質(zhì)的噪聲功能標注。在酵母菌，人類和擬南芥這3個模式生物的模擬噪聲數(shù)據(jù)和真實噪聲數(shù)據(jù)集上都顯示了該方法在噪聲功能標注識別方面的有效性與優(yōu)越性。NoisyGOA不僅展示了蛋白質(zhì)噪聲功能的可識別性，而且表明了語義相似度和分類相似度對蛋白質(zhì)噪聲功能識別的作用。
　?。?）由于 NoisyGOA在計算語義相似度的過程中易受蛋白質(zhì)已有噪聲功能標注的影響，并且沒有功能標注之間的差異性，本文提出另一種基

4、于證據(jù)屬性加權(quán)和稀疏表示的蛋白質(zhì)噪聲功能識別方法（NoGOA）。NoGOA首先用一個蛋白質(zhì)-功能標簽關(guān)聯(lián)矩陣存儲蛋白質(zhì)功能標注信息，利用稀疏表示來計算蛋白質(zhì)之間的語義相似度，并通過蛋白質(zhì)的語義近鄰對蛋白質(zhì)的功能標注信息投票來初步識別該蛋白質(zhì)的噪聲功能；其次，NoGOA按不同的證據(jù)屬性，對過去時期的蛋白質(zhì)噪聲功能標注進行統(tǒng)計和概率預(yù)估，在關(guān)聯(lián)矩陣上，根據(jù)不同證據(jù)屬性的噪聲概率，對功能標注分別加權(quán)，再利用功能標簽間層次結(jié)構(gòu)關(guān)系向上傳播權(quán)重；