2株溶血不動桿菌全基因組測序及生物信息學分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、溶血不動桿菌是一種需氧型、非發(fā)酵糖類的、具有溶血活性的革蘭氏陰性菌,可引起肺部感染、泌尿系統(tǒng)感染、菌血癥、心內(nèi)膜炎和腦膜炎等。近幾年,溶血不動桿菌因持續(xù)上升的耐藥性受到臨床關注,了解溶血不動桿菌的致病機理、耐藥機制和流行病學具,有重要的臨床意義。
  本研究中耐藥型溶血不動桿菌W65和敏感型溶血不動桿菌H2063分離自天津醫(yī)科大學第二附屬醫(yī)院,藥敏試驗驗證了溶血不動桿菌W65對氟喹諾酮類、β-內(nèi)酰胺類和氨基糖苷類抗生素耐藥,溶血不

2、動桿菌H2063屬于藥物敏感型菌株。利用Illumina Hiseq和Miseq測序平臺以及PacBio RS II三代測序平臺對2株菌進行全基因組測序;通過數(shù)據(jù)矯正和混拼,獲得溶血不動桿菌W65全基因組序列;使用PCR和TA克隆技術,對溶血不動桿菌H2063進行缺口補平,scaffold數(shù)量降到四個。溶血不動桿菌W65基因組由一條長3,925,714bp的環(huán)狀染色體及2個質(zhì)粒;GC含量為39.72%,編碼基因有3,568個,非編碼RN

3、A包含72個tRNA、1個sRNA和16個rRNA;包含攜帶的基因與毒力因子及代謝相關的11個基因組島;包含blaOXA-214-like基因、aac(6’)-Ig基因、tet基因、sul2基因及三種藥物外排泵(RND family、MATE family、MFS family)等耐藥性相關基因,且包含4個衣霉素抗性蛋白,但耐藥機制尚不清楚。溶血不動桿菌 H2063菌株基因組GC含量為39.66%,3,384個編碼基因,非編碼RNA包含

4、75個tRNA、6個sRNA和13個rRNA;18個假定基因組島;14個耐藥性相關基因,同樣包含blaOXA-214-like基因、aac(6’)-Ig基因,以及兩種藥物外排泵(RND family和MATE family);兩株菌均發(fā)現(xiàn)志賀毒素Stx2編碼基因。
  溶血不動桿菌W65成為目前首株全基因組序列拼接完成的溶血不動桿菌,將為研究溶血不動桿菌耐藥機制和致病機理分析提供可靠信息,同樣為其他溶血不動桿菌測序工作提供序列參考

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