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![全外顯子組測序技術(shù)尋找馬爾尼菲青霉病的易感基因.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/10/8/1c43ebba-d18b-4800-948c-deeb8bc6f908/1c43ebba-d18b-4800-948c-deeb8bc6f9081.gif)
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文檔簡介
1、目的:通過外顯子組測序技術(shù)(whole exome sequencing,WES)從基因水平尋找導(dǎo)致馬爾尼菲青霉病(Penicilliosis marneffei,PSM)易感的基因位點(diǎn),從患者基因水平探討PSM發(fā)病機(jī)制。同時,探討γ干擾素抗體(Anti-interferon-gamma autoantibody)與不合并HIV感染的PSM的相關(guān)性。
方法:收集2013年至2016年期間于廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院確診PSM的3
2、例患兒及其父母、60例不合并HIV感染的PSM患者、62健康志愿者,收集其外周靜脈血及病史資料。對3例患兒及其父母的基因組DNA提取、純化,進(jìn)行全外顯子組測序,通過與人類基因組DNA數(shù)據(jù)庫比對,篩選出SNP(Single nucleotide polymorphism)及Indel(Insertion-deletion)突變位點(diǎn)。通過生物信息學(xué)方法在患兒家系內(nèi)及家系間進(jìn)行篩選,得到候選基因,與NCBI數(shù)據(jù)庫對比后得到可能導(dǎo)致年幼患兒對P
3、SM的易感基因。采用人γ干擾素抗體檢測試劑盒,對不合并HIV感染的PSM患者及健康志愿者檢測血清γ干擾素抗體,探討成人患者對PSM易感的可能原因。
結(jié)果:外顯子組測序平均測序深度為111.66×,質(zhì)量控制指標(biāo)均大于90%,測序錯誤率小于1%,得到72682個SNP位點(diǎn)和6505個Indel位點(diǎn),通過與已知數(shù)據(jù)庫分析比對、生物信息學(xué)分析、手動篩選后得到DOCK8基因突變可能對年幼起病的PSM患兒易感PSM起重要作用。不合并HIV
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