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![tap基因在果蠅神經系統發(fā)育中的功能與調控機制研究.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/10/8/cdcb295d-5ada-40f9-8557-cca0f4ae99d6/cdcb295d-5ada-40f9-8557-cca0f4ae99d61.gif)
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文檔簡介
1、目的:果蠅tap基因編碼進化保守的堿性螺旋-環(huán)-螺旋(bHLH)蛋白,本研究初步探索其在果蠅神經系統發(fā)育過程中的功能和調控機制。
方法:基于NCBI數據庫中果蠅Tap蛋白的氨基酸序列,采用生物信息學技術從Tap蛋白的理化特征、跨膜區(qū)域、信號肽、結構域、三維結構和物種間同源蛋白進化關系等方面對Tap蛋白的結構和功能進行分析。構建pUAS-tap重組質粒,運用顯微注射技術和mini-white基因篩選,獲得UAS-tap轉基因果蠅
2、,并將轉基因品系分別和ap-GAL4品系、GMR-GAL4品系雜交,采用定量RT-PCR方法檢測雜交前后tap基因表達水平,并在顯微鏡下觀察雜交后代的發(fā)育情況。按照Trizol法提取野生型果蠅、tap基因突變體果蠅胚胎期總RNA,采用瓊脂糖凝膠電泳、NanoDrop、生物分析儀2100系統檢測總RNA的質量。制備好的RNA測序文庫,采用HiSeq2500平臺、單端SE50策略進行高通量測序。測序所得的原始數據經去接頭、去低質量序列處理后
3、得到高質量干凈序列進行后續(xù)生物信息學分析,包括參考基因組比對分析、基因表達水平定量、差異表達基因DEGs分析、GO/KEGG富集分析,利用實時定量PCR方法驗證部分DEGs。
結果:生物信息學的分析結果發(fā)現Tap蛋白屬于不穩(wěn)定的親水蛋白,沒有跨膜區(qū)及信號肽,位于細胞核發(fā)揮作用,具有一個堿性螺旋-環(huán)-螺旋結構域。Tap蛋白與來源于NeuroD1的模板2ql2.1.B有61.02%的氨基酸序列一致,Tap蛋白與人類和嚙齒動物的同源
4、蛋白高度同源,在系統發(fā)育樹中距離最近。成功構建了pUAS-tap重組質粒,通過顯微注射與轉基因果蠅篩選、平衡及定位,共獲得5個獨立的轉基因品系。tap基因靶向表達后引起成蟲出現糙眼,翅膀出現異位剛毛和異位翅脈表型。RNA-Seq結果發(fā)現,野生型和tap基因突變體果蠅樣品之間共有6064個DEGs,其中上調基因2720個,下調基因3344個。GO功能富集分析發(fā)現DEGs主要參與細胞過程、有機物代謝過程、蛋白質轉運、蛋白質定位等生物學過程,
5、發(fā)揮的分子功能集中在蛋白質結合和核苷酸結合。KEGG代謝通路富集分析發(fā)現DEGs顯著富集的Pathway有剪接體、內質網蛋白質加工、Notch信號通路、背腹軸形成等。實時定量PCR驗證結果發(fā)現20個隨機選擇基因的表達趨勢與RNA-Seq結果一致。
結論:果蠅 Tap蛋白具有 bHLH蛋白家族的典型結構,tap基因通過 Notch信號通路介導的原神經模式,或者調節(jié)神經前體細胞分化而參與胚胎早期神經發(fā)育過程。RNA-Seq分析結果
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