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文檔簡介
1、蛋白質(zhì)相似性分析在生物學(xué)領(lǐng)域是一個備受關(guān)注的課題,通過研究蛋白質(zhì)問相似性可以幫助理解蛋白質(zhì)的功能和結(jié)構(gòu)。有很多基于蛋白質(zhì)三維模型的幾何特征來研究蛋白質(zhì)間相似性的方法,但是現(xiàn)有的一些蛋白質(zhì)模型相似性結(jié)果還有待提高。本文提出了一種基于三維蛋白質(zhì)模型混合特征來分析蛋白質(zhì)模型的相似性方法,主要研究工作如下:
1.介紹了蛋白質(zhì)的不同結(jié)構(gòu)表示以及獲取蛋白質(zhì)三維網(wǎng)格模型的方法,并基于蛋白質(zhì)三維網(wǎng)格模型,計算了蛋白質(zhì)三維模型的曲率、形狀指數(shù)、
2、顯著幾何特征等局部表面特征描述符,分析了這些三維形狀特征描述符在蛋白質(zhì)分子的穩(wěn)定性分析、蛋白質(zhì)分子間的作用機制和三維蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)預(yù)測等方面的意義。
2.為了能夠捕獲蛋白質(zhì)三維模型的拓撲結(jié)構(gòu)特征來彌補局部特征的不足,分析介紹了幾種三維形狀骨架提取算法,提出了一種簡單高效的蛋白質(zhì)三維模型骨架提取算法,并基于蛋白質(zhì)三維模型的骨架計算了局部直徑。計算蛋白質(zhì)三維模型的測地距離,并將測地距離替代歐式距離來改進熱核信號特征的計算。熱核信號
3、對形變具有魯棒性和等距等容變換不變性,能夠保留形狀的內(nèi)在幾何性質(zhì)。
3.基于蛋白質(zhì)模型的顯著幾何特征(SGF)、局部直徑(LD)、以及熱核信號(HKS)構(gòu)造了蛋白質(zhì)三維模型的三階張量描述符。把基于矩陣的灰度關(guān)聯(lián)分析方法擴展到基于三階張量的灰度關(guān)聯(lián)分析方法,并對蛋白質(zhì)三維模型進行相似性分析。實驗結(jié)果表明,本文方法對具有復(fù)雜局部表面特征以及不同拓撲結(jié)構(gòu)特征的蛋白質(zhì)三維模型的相似性分析具有較好的適應(yīng)性和有效性。
最后,對本
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