1、甘蔗桿狀病毒（Sugarcane bacilliform virus，SCBV）是花椰菜花葉病毒科Caulimoviridae桿狀DNA病毒屬Badnavirus的成員之一，也是危害甘蔗的主要病原，嚴(yán)重影響甘蔗的產(chǎn)量和品質(zhì)。為了弄清我國(guó)蔗區(qū) SCBV分離物的遺傳多樣性、分子進(jìn)化機(jī)制和群體遺傳結(jié)構(gòu)，本研究根據(jù)SCBV病毒RT/RNase H基因序列設(shè)計(jì)了1對(duì)新的檢測(cè)引物SCBV-F和SCBV-R，對(duì)310份供試的甘蔗樣品進(jìn)行SCBV檢測(cè)，

2、其中280份來自中國(guó)的6個(gè)?。ㄗ灾螀^(qū)），25份來自美國(guó)的3個(gè)州和5份來自澳大利亞的昆士蘭州，PCR檢測(cè)結(jié)果共有94份甘蔗樣品呈陽性，檢出率為30.3％。我國(guó)6個(gè)蔗區(qū)甘蔗樣品均有檢測(cè)到SCBV。PCR產(chǎn)物經(jīng)克隆和測(cè)序后，共獲得122條SCBV片段序列，這表明同一樣品存在不同的SCBV分離物序列。連同已報(bào)道的45條相應(yīng)序列，利用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，結(jié)果表明可將全球SCBV序列分成18個(gè)亞組，即SCBV-A至SCBV-R，其中，SCBV-N

3、、SCBV-O、SCBV-P、SCBV-Q和SCBV-R為本研究新發(fā)現(xiàn)的株系（基因型）。我國(guó)蔗區(qū)存在8種基因型（SCBV-G、SCBV-H、SCBV-L、SCBV-N、SCBV-O、SCBV-P、SCBV-Q和SCBV-R），以SCBV-Q和SCBV-R基因型為主，不同SCBV基因型之間存在混合侵染現(xiàn)象。對(duì)SCBV序列進(jìn)行遺傳分化（Snn和Z*）和基因流（Fst）分析，結(jié)果表明國(guó)際間或國(guó)內(nèi)不同?。ㄗ灾螀^(qū)）SCBV分離物群體間不存在頻繁的

4、基因流，遺傳分化明顯，呈高度的遺傳多樣性。
　　通過PCR和反向PCR技術(shù)克隆獲得兩條SCBV中國(guó)分離物全基因組序列，分別命名為SCBV-CHN1和SCBV-CHN2，基因組大小分別為7764 bp和7629 bp。這兩個(gè)中國(guó)分離物基因組結(jié)構(gòu)與桿狀DNA病毒類似，均含有三個(gè)開放閱讀框（ORFs），但在P2和P3蛋白的翻譯上存在不同程度的移碼翻譯?；谌蚪M、不同ORFs和RT/ RNase H序列的系統(tǒng)進(jìn)化分析，將SCBV-CH

5、N1、SCBV-CHN2和10條已公布的SCBV分離物分成9個(gè)組群。其中，SCBV-CHN1與SCBV-BB的親緣關(guān)系最近，劃分在SCBV-H組，SCBV-CHN2劃分在SCBV-G組。SCBV-CHN1和SCBV-CHN2之間全基因組和RT/ RNase H序列的核苷酸一致性分別為70.2%和80.8%，遺傳距離分別為0.32和0.22。重組分析發(fā)現(xiàn)SCBV存在種間和種內(nèi)的遺傳重組現(xiàn)象，SCBV-CHN1和SCBV-CHN2是兩個(gè)重組