1、系統(tǒng)發(fā)育分析是生物學(xué)的一個(gè)重要研究領(lǐng)域，旨在重建所有物種的進(jìn)化歷史。系統(tǒng)發(fā)育樹是一棵描繪物種進(jìn)化關(guān)系的樹，也叫做進(jìn)化樹。目前重建進(jìn)化樹的方法可以分為兩大類:1）基于最優(yōu)原則的方法，如最大似然法和最大簡約法;2）基于非最優(yōu)原則的方法，如距離法。重建進(jìn)化樹的目的是找出有且僅有的那一棵反應(yīng)真實(shí)進(jìn)化關(guān)系的樹。
　　因?yàn)槲锓N進(jìn)化歷史不可重現(xiàn)且其進(jìn)化規(guī)律存在偶然性，所以如何確定真實(shí)的進(jìn)化樹一直存在爭議，而目前基于單一準(zhǔn)則的算法因?yàn)樵胍舻仍颍?/p>

2、可能不能重建出真實(shí)的進(jìn)化樹。本文提出的基于多目標(biāo)優(yōu)化算法的進(jìn)化樹重建能夠同時(shí)考慮不同的進(jìn)化樹重建標(biāo)準(zhǔn)，從而可以重建一組可行進(jìn)化樹，在保證可靠性的前提下提供更多的進(jìn)化可能性。
　　本文以多目標(biāo)進(jìn)化算法為框架，對(duì)16種靈長動(dòng)物的基因進(jìn)行了兩個(gè)實(shí)驗(yàn)。第一個(gè)實(shí)驗(yàn)以進(jìn)化樹的似然值和距離比值為目標(biāo)，得到的可行解基本符合公認(rèn)進(jìn)化情況;第二個(gè)實(shí)驗(yàn)以進(jìn)化樹的似然值和簡約值為目標(biāo)，得到的可行解較第一個(gè)實(shí)驗(yàn)更加準(zhǔn)確，但是實(shí)驗(yàn)花費(fèi)時(shí)間比實(shí)驗(yàn)一多。受距離法