1、系統(tǒng)發(fā)育分析是生物信息學(xué)研究的重要領(lǐng)域之一，它主要研究同源的DNA或蛋白質(zhì)序列，對這些序列進行進化分析，從而得到能夠反映蛋白質(zhì)序列或者DNA序列之間進化關(guān)系的系統(tǒng)發(fā)育進化樹。系統(tǒng)發(fā)育進化樹的研究已有很長的歷史了，它在分子進化與系統(tǒng)發(fā)育研究中起到了重要的作用。系統(tǒng)進化樹直觀的反映了生物進化的關(guān)系，有助于了解生物進化歷史和進化機制。進化樹構(gòu)建方法從不同的角度可以得到不同的分類，可以把進化樹構(gòu)建算法分為兩類：基于算術(shù)聚類方法和基于最優(yōu)搜索方法

2、。由于基于最優(yōu)搜索方法常常要比基于算術(shù)聚類方法慢得多，所以基于算術(shù)聚類方法得到了廣泛地應(yīng)用。
　　 基于算術(shù)聚類方法中層次聚類方法應(yīng)用于進化樹構(gòu)建方面最為常用，但是傳統(tǒng)的基于算術(shù)聚類方法中都是建立在序列比對的基礎(chǔ)上的。所以本文為了解決這個問題，提出了兩種新的基于層次聚類方法，這兩種都是不需要進行序列比對，而且算法的計算量小，容易實現(xiàn)。兩種新方法是：基于橫縱建樹法和基于調(diào)整權(quán)重的自組織映射建樹法。
　　 基于橫縱建樹法也是

3、一種基于距離矩陣建樹法。它是在距離矩陣基礎(chǔ)上進行的，結(jié)合橫向找點，縱向找邊的思想得到一棵二叉樹，在此基礎(chǔ)上進行聚類。
　　 基于調(diào)整權(quán)重的自組織映射建樹法是建立在自組織映射網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)上提出來的。自組織映射網(wǎng)絡(luò)既可以應(yīng)用于分類和聚類，也可以應(yīng)用于進化分析和進化樹的構(gòu)造。但是當(dāng)自組織映射網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用于進化分析和進化樹構(gòu)造的研究中，算法比較復(fù)雜，而這種方法降低了算法的復(fù)雜度。這種方法與基于距離矩陣建樹法比較，它不用進行相似分析構(gòu)造距離矩陣，