1、基因是遺傳信息的載體，描述了變化萬千的生命形態(tài)。隨著人類基因組計(jì)劃的順利完成和信息技術(shù)的飛速發(fā)展，越來越多的生物完全基因組序列可供人們來研究，這為我們從基因的角度來解讀生物的奧秘提供了便利。但是要讀懂這部僅由四個(gè)字母組成的生命“天書”，傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)觀察手段就顯得力不從心了，只能借助數(shù)學(xué)原理和計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)處理方法來高效、精確的進(jìn)行生物序列分析。
　　本文基于傳統(tǒng)的序列特征參數(shù)——組分向量，提出了描述序列特征的新參數(shù)——組合多聯(lián)體，分別用

2、信息熵和離散增量作為距離函數(shù)對26種胎盤類哺乳動(dòng)物和64種脊椎動(dòng)物構(gòu)建了系統(tǒng)進(jìn)化樹。全文共分四個(gè)部分：
　　第一部分介紹了利用線粒體基因組構(gòu)建生物進(jìn)化樹的研究現(xiàn)狀和意義、信息熵的應(yīng)用和發(fā)展歷程及本文的主要工作。
　　第二部分是本文的理論和方法。基于傳統(tǒng)的序列特征參數(shù)——組分向量，本文提出了新的生物序列特征參數(shù)——組合多聯(lián)體，并通過堿基關(guān)聯(lián)分析，說明了組合多聯(lián)體的意義；本文使用R軟件，基于新對稱相對熵和離散增量這兩種距離函數(shù),

3、通過距離矩陣法構(gòu)建生物系統(tǒng)進(jìn)化樹。
　　第三部分，通過距離矩陣法對26種胎盤類哺乳動(dòng)物和64種脊椎動(dòng)物線粒體DNA數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，構(gòu)建了生物的系統(tǒng)進(jìn)化樹。計(jì)算中，選用了三種特征參數(shù)來描述序列，分別是：6聯(lián)體、組合6聯(lián)體、6聯(lián)體和組合6聯(lián)體。在用新對稱相對熵作為距離函數(shù)時(shí)，分別基于三種特征參數(shù)構(gòu)造距離矩陣，并通過R軟件對兩組數(shù)據(jù)構(gòu)建了生物系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果顯示，以組合6聯(lián)體，特別是組合間距為57的組合6聯(lián)體為序列特征參數(shù)時(shí)，得到的系統(tǒng)進(jìn)