1、本文論述了多叉進化樹構建方法的研究與實現(xiàn)，詳細分析了UPGMA產(chǎn)生不惟一結果的原因，在此基礎上提出并實現(xiàn)了UPGMA的一種改進算法，即不加權算術平均組群方法(Unweighted Multi-Group Method using Arithmetic averages，以下簡稱UMGMA)。UMGMA是UPGMA的一種擴展，而UPGMA可以看作UMGMA的一個特例。在迭代計算過程中，UPGMA總是選取距離矩陣中最小的元素對應的一對序列生

2、成新的分類群單元。而UMGMA則通過引入距離容差參數(shù)t，將所有小于t的元素對應的序列作為生成新分類群單元的基礎。該方法在一次迭代中可以產(chǎn)生多個新的分類群單元，因此其進化樹結果可能是多叉樹。在UPGMA結果不惟一的情況下，各種可能的二叉樹結果在UMGMA中被綜合構建成一棵惟一的多叉樹，從而解決了惟一性的問題；而在UPGMA結果惟一的情況下，取距離容差參數(shù)t等于零，UMGMA得到的結果將與UPGMA的結果完全一致?；趯嶋H數(shù)據(jù)的進化樹構建實

3、驗表明，UMGMA不僅能夠產(chǎn)生結果惟一的進化樹，而且通過選擇不同的容差參數(shù)t，還能產(chǎn)生不同層次的進化樹。這意味著在大規(guī)模系統(tǒng)發(fā)育分析中，UMGMA可以通過調整t的值，不斷突出進化樹的整體脈絡。實現(xiàn)了一種包含完整UMGMA算法實現(xiàn)以及傳統(tǒng)UPGMA方法實現(xiàn)的分子發(fā)育分析軟件--Mult-Tree。該軟件是一個基于Microsoft.net framework 2.0平臺構建的客戶端應用，其中使用WebService完成多序列比對功能，并提