基于功能核酸的納米組裝與生物傳感的新方法研究.pdf_第1頁(yè)
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1、功能核酸是指具有特殊功能的核酸分子,一般來(lái)說(shuō)包括兩大類:一類是與抗體性質(zhì)相似,能夠與目標(biāo)分子特異性結(jié)合的DNA/RNA,稱為核酸適配體(Aptamer)[1];另一類與蛋白酶催化活性類似的核酸分子,稱為DNA酶(DNAzymes)[2-4]。功能核酸的出現(xiàn)突破了人們觀念中核酸只能作為遺傳物質(zhì)和轉(zhuǎn)運(yùn)載體的認(rèn)識(shí),為科員人員的研究提供了新的平臺(tái)。
  近年來(lái),納米材料由于其獨(dú)特的光學(xué)和電化學(xué)性能,已成為當(dāng)前研究的熱點(diǎn),得到越來(lái)越廣泛的應(yīng)

2、用。尤其是,DNA本身也可以組裝成納米材料,為生命科學(xué)、材料科學(xué)、環(huán)境科學(xué)等領(lǐng)域帶來(lái)前所未有的推動(dòng)作用,因此備受廣大科研工作者的關(guān)注。例如,DNA分子可以作為強(qiáng)大的合成積木單元用于納米材料的組裝。然而,傳統(tǒng)的方法組裝尺寸較大且復(fù)雜的DNA納米結(jié)構(gòu)需要大量的不同序列的DNA鏈,導(dǎo)致其設(shè)計(jì)過(guò)程復(fù)雜。大量的DNA需求量也會(huì)導(dǎo)致其準(zhǔn)備過(guò)程過(guò)長(zhǎng)。并且,在變性條件(如尿素,酶)下,以及極低濃度條件下,會(huì)伴隨著DNA結(jié)構(gòu)的解離。如何使用簡(jiǎn)便的方法合成

3、穩(wěn)定的DNA納米材料仍是亟待解決的問(wèn)題。
  同時(shí),核酸的穩(wěn)定性和適應(yīng)性高,并可以快速的通過(guò)商業(yè)的DNA合成儀合成。鑒于納米技術(shù)和功能核酸兩者研究取得的巨大進(jìn)步,本論文很自然地結(jié)合這兩個(gè)領(lǐng)域,創(chuàng)造新的跨學(xué)科領(lǐng)域,合成新的DNA納米結(jié)構(gòu),開(kāi)發(fā)低成本、操作簡(jiǎn)便以及高靈敏的新型納米生物傳感技術(shù),并成功實(shí)現(xiàn)抗癌藥物的運(yùn)輸。
  其主要內(nèi)容如下:
  第2章描述了一種基于DNA酶的酶聯(lián)免疫(ELISA)法,稱為DLISA,用于代

4、替蛋白質(zhì)酶用于ELISA的檢測(cè)。這種三重?cái)U(kuò)增的DLISA平臺(tái)運(yùn)用分子信標(biāo)體系和離子交換擴(kuò)增反應(yīng),是一種可以替代經(jīng)典ELISA的免疫測(cè)定法一般來(lái)說(shuō),ELISA使用一種酶,通常是過(guò)氧化物酶或堿性磷酸酶,催化底物轉(zhuǎn)化成有色的或高熒光的產(chǎn)物從而進(jìn)行定量分析。傳統(tǒng)的ELISA是一種配體結(jié)合測(cè)定法,它需要在固體表面固定一個(gè)連接試劑,這個(gè)連接試劑需要使用蛋白質(zhì)酶做為生物催化劑來(lái)達(dá)到信號(hào)放大的檢測(cè)。然而,在一些苛刻的條件下,例如在高溫或重金屬離子(如汞

5、)存在時(shí),蛋白質(zhì)酶的活性會(huì)發(fā)生不可逆的變性,導(dǎo)致ELISA在實(shí)際樣品中的應(yīng)用大大的降低。為了驗(yàn)證這個(gè)想法,人IgG同種型抗體和前列腺特異性抗原(PSA)作為模型抗原/抗體檢測(cè)體系。所提出的DLISA免疫測(cè)定方法對(duì)人類IgG檢測(cè)具有超高的靈敏度,檢測(cè)下限為2 fg/mL(3×10-17 M),這個(gè)靈敏度相當(dāng)于在100μL體系樣品中能夠檢測(cè)到1800個(gè)分子,這種DLISA檢測(cè)方法比傳統(tǒng)的ELISA或其他報(bào)道免疫測(cè)定方法的靈敏度高很多。DNA

6、酶是源于自組合的寡核苷酸庫(kù)體外篩選分離的核酸序列。相比于蛋白質(zhì),核酸的穩(wěn)定性和適應(yīng)性更高,并且它們可以通過(guò)市售的DNA合成儀容易的制備。此外,DNA酶的催化和裂解活性在溶液中進(jìn)行。因此,在檢測(cè)過(guò)程中,它不需要酶的固定,穩(wěn)定性能夠大大的提高。DLISA檢測(cè)平臺(tái)構(gòu)建了傳感陣列,可實(shí)現(xiàn)多個(gè)目標(biāo)物的瞬時(shí)檢測(cè)。以人IgG,兔IgG,鼠IgG作為目標(biāo)分子,都得到了滿意的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,證明所提出的DLISA免疫測(cè)定法擁有多目標(biāo)檢測(cè)的能力。
  第3

7、章基于雙鏈DNA-銅納米顆粒熒光探針,本文構(gòu)建了一種非標(biāo)記且高靈敏的生物傳感器用于核酸酶活性的檢測(cè)。當(dāng)?shù)蜐舛鹊腃u2+存在時(shí),雙鏈DNA能為銅納米顆粒的形成提供模板,所合成的銅納米顆粒具有較高的熒光;而單鏈DNA不能進(jìn)行這個(gè)反應(yīng)。利用這一特性用于核酸酶活性的檢測(cè)。在實(shí)驗(yàn)中,以S1核酸酶為模型分析物,S1核酸酶是一種單鏈高度特異的核酸酶。當(dāng)體系中S1核酸酶存在時(shí),核酸酶會(huì)切割DNA成為短鏈DNA或單核苷酸,因此銅納米顆粒不能形成,傳感系統(tǒng)

8、的熒光強(qiáng)度低。在最優(yōu)的實(shí)驗(yàn)條件下,該傳感器對(duì)S1核酸酶的檢測(cè)下限為0.3 U/mL。
  第4章在本章中,首次報(bào)道了將陽(yáng)離子聚集態(tài)的苝(PDI)作為無(wú)標(biāo)記的光譜猝滅劑。當(dāng)它聚集在DNA時(shí),PDI能夠有效地猝滅DNA上標(biāo)記的發(fā)射波長(zhǎng)在可見(jiàn)光到近紅外范圍內(nèi)的熒光基團(tuán)的熒光,并且這種廣譜猝滅劑可通過(guò)無(wú)標(biāo)記的方式?;诰奂瘧B(tài)的苝與外切酶Ⅲ輔助的目標(biāo)循環(huán)放大相結(jié)合,本文構(gòu)建了一個(gè)后添加、靈敏檢測(cè)DNA的多目標(biāo)檢測(cè)分析平臺(tái)。這種光譜猝滅劑不影

9、響酶的活性。不論是后添加或前添加的方法法,該傳感體系獲得相同的對(duì)DNA檢測(cè)的檢測(cè)下限。此外,該傳感體系具有較好的選擇性。在均相溶液中,通過(guò)所提出的感測(cè)系統(tǒng)能夠同時(shí)實(shí)現(xiàn)多目標(biāo)DNA序列的分析。
  第5章基于大自然的啟發(fā),應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。本章中,基于滾環(huán)復(fù)制反應(yīng)(RCR),本文提出了一種非經(jīng)典的、自組裝的DNA納米花結(jié)構(gòu)。這種DNA納米花結(jié)構(gòu)的自組裝方法只需要兩條DNA鏈,它的自組裝通過(guò)液體結(jié)晶的方式,不依賴于Watson-Cr

10、ick堿基配對(duì),避免了傳統(tǒng)DNA結(jié)構(gòu)通過(guò)復(fù)雜設(shè)計(jì)來(lái)達(dá)到鏈間和鏈內(nèi)的雜交而進(jìn)行的自組裝。調(diào)節(jié)滾環(huán)復(fù)制的時(shí)間可以控制DNA納米花的尺寸從200納米到4微米間變化,不同尺寸的DNA納米花將使它的應(yīng)用更為廣泛。并且,DNA納米花能抗酶降解,在低濃度,高溫和尿素變性的條件下都能穩(wěn)定的存在。DNA納米花的高穩(wěn)定性歸因于它獨(dú)特的性質(zhì):包括長(zhǎng)鏈的、無(wú)缺口的DNA積木結(jié)構(gòu)單元,DNA的密度凝聚,大量的鏈間和鏈內(nèi)DNA結(jié)構(gòu)單元的交織。高度穩(wěn)定的DNA納米花

11、結(jié)構(gòu)能夠使它在復(fù)雜環(huán)境下廣泛的應(yīng)用,例如:臨床診斷、生物醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)等。通過(guò)合理的設(shè)計(jì),在DNA的自組裝過(guò)程中,各種功能團(tuán)分子能夠嵌入DNA結(jié)構(gòu)中。并且所合成的DNA納米花可以進(jìn)一步用于生物熒光成像、選擇性的識(shí)別腫瘤細(xì)胞和靶向藥物傳遞等。
  在第6章利用相似的原理,本文報(bào)導(dǎo)了一種基于滾環(huán)復(fù)制反應(yīng)合成核酸適配體修飾的熒光能量共振轉(zhuǎn)移的DNA納米花的簡(jiǎn)便方法,并且將這種DNA納米花應(yīng)用于單一波長(zhǎng)激發(fā)的多色成像和可跟蹤的藥物釋放。三

12、種熒光染料,熒光素FAM,花箐素染料Cy3和羅丹明ROX,通過(guò)化學(xué)方法修飾的脫氧核苷酸(FAM-dUTP,Cy3-dUTP和ROX-dUTP)嵌入到DNA納米花中。在滾環(huán)復(fù)制的酶促反應(yīng)中,可以改變熒光染料的比例調(diào)節(jié)熒光能量共振轉(zhuǎn)移介導(dǎo)的熒光發(fā)射。在單一波長(zhǎng)激發(fā)下,DNA納米花能夠顯示出多個(gè)熒光發(fā)射光譜。與第5章類似,DNA納米花自組裝通過(guò)DNA液體結(jié)晶的方式,不依賴于Watson-Crick堿基配對(duì),避免了傳統(tǒng)DNA自組裝結(jié)構(gòu)需要的復(fù)雜

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