CELL-SELEX技術篩選急性早期幼粒細胞白血病NB4細胞適配子.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、[目的]
   利用以細胞為靶標的指數(shù)富集配基的系統(tǒng)進化(CELL based Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment,CELL-SELEX)技術,篩選出與急性早幼粒細胞白血病(Acute Promyelocytic Leukemia,APL)NB4活細胞高親和力高特異性結(jié)合的適配子,為熒光標記適配子快速鑒定APL檢測方法的建立奠定基礎。
  

2、[方法]
   1.在體外構建兩端為固定序列,中間為40個m的隨機序列,全長76個nt的單鏈DNA(ssDNA)文庫,以NB4細胞作為靶分子,進行CELL-SELEX篩選,同時利用流式細胞儀和熒光顯微鏡監(jiān)控FITC-ssDNA次級庫與NB4活細胞的結(jié)合過程。
   2.從第二輪開始,每輪引入ssDNA次級庫與急性髓性白血病(acute myeloid leukemia,AML)HL60細胞和慢性髓性白血病(chronic

3、myelogenous leukemia,CML)K562細胞相結(jié)合的反篩策略。
   3.將結(jié)合率(bindingrate,BR)最高的第十六輪篩選產(chǎn)物進行擴增、純化、TA克隆和測序,并用Dnaman軟件分析預測其二級結(jié)構。
   4.用流式細胞儀測定克隆適配子群與NB4活細胞的結(jié)合率,選出結(jié)合率最高的一個克隆適配子,利用GraphPad.Prism.v4.03軟件進行親和力分析。
   5.采用TAMRA標記

4、結(jié)合率最高的適配子,該適配子與三種白血病細胞相結(jié)合后,通過熒光顯微鏡驗證其特異性。
   [結(jié)果]
   1.隨著篩選輪數(shù)的增加,ssDNA次級庫與NB4活細胞的結(jié)合率逐漸增加,第十六輪的結(jié)合率(19.9%)是第一輪結(jié)合率(1.6%)的12倍;十六輪以后,ssDNA次級庫與NB4活細胞的結(jié)合率不再增加。
   2.選取結(jié)合率最高的第十六輪篩選的克隆適配子群進行測序,發(fā)現(xiàn)21個克隆適配子序列中有3種不同序列,16個

5、克隆子序列為:CX1,3個克隆子序列為:CX5,2個克隆子序列為:CX9,預測分析適配子的二級結(jié)構以莖-環(huán)結(jié)構為主。
   3.克隆適配子CX1、CX5和CX9分別與NB4活細胞結(jié)合反應,流式細胞儀檢測的結(jié)合率分別為:9.7%、12.6%、17.2%;適配子CX9結(jié)合率最高。
   4.分析適配子CX9與NB4活細胞結(jié)合的親和力,其解離常數(shù)(Kd)值低至16.2nM。
   5.TAMRA標記的適配子CX9與NB

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