1、藏豬是生活在我國(guó)青藏高原地區(qū)的古老地方豬種，對(duì)高海拔惡劣環(huán)境具有良好的適應(yīng)能力。藏豬良好的環(huán)境適應(yīng)性是長(zhǎng)期人工及自然選擇作用下形成的，其遺傳學(xué)機(jī)理非常復(fù)雜，需要多個(gè)基因協(xié)調(diào)發(fā)揮作用。本研究采用豬的全基因組SNP芯片對(duì)生活在高海拔地區(qū)的藏豬（3000米）、中等海拔高度的大河豬（2000米）以及平原地區(qū)的五指山豬（200米）進(jìn)行分型?；谌后w遺傳學(xué)原理對(duì)生活在高原地區(qū)的豬種與平原豬種高度分化的基因組區(qū)域進(jìn)行掃描，對(duì)顯著差異的拷貝數(shù)變異區(qū)域進(jìn)

2、行鑒定并運(yùn)用基于單體型的logistic回歸模型對(duì)藏豬基因組中的基因互作模式進(jìn)行探索，同時(shí)采用RNA-seq技術(shù)對(duì)藏豬和平原豬（東北民豬）肺部基因表達(dá)模式進(jìn)行比較，從四個(gè)不同的角度系統(tǒng)的理解藏豬高海拔環(huán)境適應(yīng)性的分子機(jī)制。
　　通過(guò)比較藏豬、大河豬與五指山豬基因組上的高度分化區(qū)域，共鑒定了12個(gè)(CCBE1，F(xiàn)2RL1，AGGF1，ZFPM，IL2，F(xiàn)GF，PLA2G4A，ADAMTS9，NRBF2，MJD1C，VEGFC昶ADA

3、M19)藏豬特異、6個(gè)（OGG1，F(xiàn)OXM, FLT3，RTEL1，CRELD1和RHOG）大河豬特異，以及6個(gè)（VPS13A，GNA14，GDAP1，PARP8，F(xiàn)GF10和ADAMTS16)兩個(gè)豬種共同的適應(yīng)性基因。功能分析表明藏豬特異性適應(yīng)性基因主要涉及心血管系統(tǒng)的發(fā)育，大河豬特異性的適應(yīng)性基因主要涉及DNA氧化損傷修復(fù)，而二者共同的適應(yīng)性基因則主要參與血液循環(huán)、DNA修復(fù)和能量代謝等過(guò)程。
　　對(duì)生活在不同海拔高度的三個(gè)豬

4、品種基因組的拷貝數(shù)變異區(qū)域進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，拷貝數(shù)變異區(qū)域與不同豬種間高度分化的基因組區(qū)域沒(méi)有重疊，表明拷貝數(shù)變異主要發(fā)生在中等或小程度分化的基因組區(qū)域。5個(gè)與穩(wěn)態(tài)過(guò)程相關(guān)的基因，包括CIDEA、ABCG1、IL6ST以及兩個(gè)人類(lèi)的同源基因SLC9A9和NHLRC2，所在的拷貝數(shù)變異區(qū)域在品種間存在差異，可能與高原豬種高海拔環(huán)境適應(yīng)性相關(guān)。這些基因的功能主要涉及溫度適應(yīng)、能量代謝、低氧應(yīng)答、肺部功能及心血管系統(tǒng)發(fā)育。
　　以藏豬和五指

5、山豬為研究材料對(duì)全基因組兩兩非關(guān)聯(lián)位點(diǎn)進(jìn)行互作檢測(cè)，共篩選到5,834對(duì)顯著的基因互作對(duì)子(FDR＜0.001)，F(xiàn)ST分析表明這些基因大都處于低等或中等程度分化。以此構(gòu)建基因互作網(wǎng)絡(luò)并對(duì)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，結(jié)果表明該互作網(wǎng)絡(luò)具有“小世界”和“無(wú)標(biāo)度”兩個(gè)生物網(wǎng)絡(luò)的標(biāo)志性特征。同時(shí)，基于泊松分布共檢測(cè)到87個(gè)高連通度的hub基因，功能分析表明其中的13個(gè)(ADRB1，RFC3，CDK7，NRG1，ISL1，RAG2，F(xiàn)LT1，NOX，

6、NDUFA12，SCNN1B，TGFBI, MYC和CDCP)具有與高海拔環(huán)境適應(yīng)性相關(guān)的功能。前期生物學(xué)實(shí)驗(yàn)表明這13個(gè)基因中的8個(gè)（NOX4，TG FB1，CDCP1，F(xiàn)LT1，MYC，CDK7, RFC3和NGR1）都參與機(jī)體內(nèi)最重要的氧濃度調(diào)節(jié)通路-缺氧誘導(dǎo)因子通路。
　　對(duì)藏豬和民豬肺部轉(zhuǎn)錄組研究共檢測(cè)到了281個(gè)差異表達(dá)基因，其中191個(gè)基因(67.97％)在藏豬肺部表達(dá)下調(diào)，而只有90個(gè)基因(32.08％)在藏豬肺部

7、表達(dá)上調(diào)。表明高海拔環(huán)境中，大部分基因的表達(dá)被抑制。對(duì)上調(diào)的基因進(jìn)行功能富集分析，發(fā)現(xiàn)藏豬中上調(diào)表達(dá)的基因主要涉及肺組織發(fā)育、血管系統(tǒng)以及炎癥反應(yīng)，表明藏豬很可能通過(guò)這些基因的下調(diào)與上調(diào)維持著肺部及血管的損傷與修復(fù)之間的平衡。同時(shí)，將差異表達(dá)基因與藏豬基因組上正選擇區(qū)域進(jìn)行比較分析，只發(fā)現(xiàn)了6個(gè)共同基因(RGS2，SCD, TLE2，SLCO4C1，CXCL13和PRCP基因)，表明差異表達(dá)的基因并不是完全由正選擇作用到基因的順式作用元

8、件上驅(qū)動(dòng)的，有可能是通過(guò)反式作用方式進(jìn)行調(diào)節(jié)或者是通過(guò)改變蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)發(fā)揮作用的。同時(shí)，這6個(gè)基因幾乎都具有與高海拔環(huán)境適應(yīng)性相關(guān)的功能，可作為候選基因進(jìn)行更深入的研究。而對(duì)正選擇基因的表達(dá)量進(jìn)行分析表明這些基因的表達(dá)變化度都較小，提示是微效基因作用形式。
　　綜上，藏豬高海拔環(huán)境適應(yīng)性機(jī)制十分復(fù)雜，涉及大量基因。這些基因大部分屬于微效基因，其中與低海拔豬種高度分化的基因可能主要通過(guò)改變蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或通過(guò)反式作用方式影響其他基因的表達(dá)