SARS冠狀病毒進(jìn)化與起源的生物信息學(xué)分析.pdf_第1頁(yè)
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1、SARS-CoV基因組為單正鏈RNA,全長(zhǎng)約30kb,具有感染性.其基因組結(jié)構(gòu)為:5′-帽狀結(jié)構(gòu)-病毒酶-刺突糖蛋白(S)-包膜蛋白(E)-基質(zhì)膜蛋白(M)-核衣殼蛋白(N)-3′polyA尾.運(yùn)用NJ法和PHYLIP軟件包,對(duì)SARS冠狀病毒和其他14種冠狀病毒進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析.確定SARS冠狀病毒是不同于已知冠狀病毒的一種新型冠狀病毒,在系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系上也不屬于現(xiàn)有的三個(gè)類群,而獨(dú)立成為一支.根據(jù)兩個(gè)假定:1、核苷酸的變異是隨機(jī)的;

2、2、存在分子鐘即存在恒定的進(jìn)化速率,應(yīng)用SAS的回歸分析軟件估計(jì)SARS病毒起源時(shí)間.在對(duì)31條確定取樣時(shí)間的SARS病毒S基因序列分析后,估算出SARS病毒的起源時(shí)間為2002年11月10日,95﹪的置信區(qū)間是2002年10月11日至2002年12月13日.這與目前報(bào)導(dǎo)的首例SARS病人的發(fā)病時(shí)間基本一致.依據(jù)DIVERT算法,編寫(xiě)了Sequence Compare程序,以檢測(cè)SARS病毒序列中是否存在重組事件.結(jié)果表明:SARS病毒

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