LncRNAs表達(dá)水平及其基因多態(tài)性與系統(tǒng)性紅斑狼瘡的關(guān)聯(lián)性研究.pdf_第1頁(yè)
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1、研究背景:
  系統(tǒng)性紅斑狼瘡(systemic lupus erythematosus, SLE)是一種慢性多系統(tǒng)性的自身免疫性疾病,其以多種自身抗體產(chǎn)生和大量免疫復(fù)合物的沉積為主要特點(diǎn),并可因此導(dǎo)致體內(nèi)多種組織或器官的損傷。目前為止,SLE的確切發(fā)病機(jī)制尚未闡明。過(guò)去幾十年中的實(shí)驗(yàn)和臨床研究表明,遺傳因素、環(huán)境因素、免疫調(diào)節(jié)因素及其之間的交互作用等共同參與了SLE的疾病進(jìn)程。通過(guò)人類全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wide a

2、ssociation studies,GWAS),發(fā)現(xiàn)了多個(gè)SLE的易感基因。
  既往SLE的研究主要集中在編碼基因,而非編碼基因的報(bào)道相對(duì)較少。和那些已經(jīng)被廣泛研究的短鏈非編碼RNA(例如microRNAs)不同的是,長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一類長(zhǎng)度超過(guò)200個(gè)核苷酸的非編碼RNA,且lncRNAs可能在多種生物學(xué)功能中具有調(diào)節(jié)作用。雖然lncRNAs的確切功能在很大程度上仍然

3、不清楚,但一些研究已經(jīng)表明lncRNAs可能參與了多種關(guān)鍵的生物學(xué)過(guò)程,如染色質(zhì)重塑、基因轉(zhuǎn)錄、RNA剪接和蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)等,這暗示它們可能對(duì)人類的多種疾病產(chǎn)生復(fù)雜的影響。
  最近,多種lncRNAs被認(rèn)為在人類的免疫系統(tǒng)調(diào)節(jié)中發(fā)揮著重要作用的,并且它們可能涉及一些由免疫介導(dǎo)的炎癥性疾病的發(fā)病機(jī)理。因此,本研究推測(cè)lncRNAs可能在SLE的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮了重要的作用。
  目的:
  檢測(cè)SLE病例和健康對(duì)照外周血單個(gè)

4、核細(xì)胞(peripheral blood mononuclear cells, PBMCs)中l(wèi)ncRNAs(GAS5, lnc-DC, linc0597 and linc0949)的表達(dá)水平,以及這些lncRNAs基因多態(tài)性與SLE易感性之間的關(guān)聯(lián)。
  方法:
  本研究采用兩階段的病例對(duì)照設(shè)計(jì)。在第一階段中,納入85例SLE病例和71例健康對(duì)照,用于檢測(cè)lncRNAs在PBMCs中的表達(dá)水平;當(dāng)發(fā)現(xiàn)有差異表達(dá)的lncR

5、NAs后,第二階段納入860例SLE病例和831例健康對(duì)照用于檢測(cè)其單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)。LncRNAs的表達(dá)水平采用實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(quantitative real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR),基因分型實(shí)驗(yàn)通過(guò)Fluidigm EP1平臺(tái)以及TaqMan SNP探針?lè)中头椒ā?duì)4種lncRNAs表

6、達(dá)水平以及4個(gè)SNP位點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)分析進(jìn)行Bonferroni多重校正,檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.0125(0.05/4),其余統(tǒng)計(jì)分析檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05。
  結(jié)果:
 ?。?)Linc0597,lnc-DC和 GAS5在SLE病例PBMCs中的表達(dá)水平均低于健康對(duì)照中的水平,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(Z=-5.984, P<0.001;Z=-3.703, P<0.001;Z=-2.995, P=0.003);linc0949的表達(dá)水平在S

7、LE和健康對(duì)照中差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(Z=-0.254, P=0.799)。
  (2)Linc0597在SLE合并狼瘡腎炎(lupus nephritis,LN)組的表達(dá)水平要低于非LN組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(Z=-2.411, P=0.016)且linc0597在SLE合并蛋白尿陽(yáng)性病例中的表達(dá)水平低于蛋白尿陰性病例中的表達(dá)水平,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(Z=-2.865, P=0.004)。Linc0949,lnc-DC和GAS5的表達(dá)水

8、平在SLE合并LN組與非LN組中差異均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均有P>0.05)。
 ?。?)Linc0597的表達(dá)水平與SLE疾病活動(dòng)度評(píng)分(systemic lupus erythematosus disease activity index2000,SLEDAI-2K)成負(fù)相關(guān)(rs=-0.267,P=0.013);Linc0949,lnc-DC和GAS5的表達(dá)水平未發(fā)現(xiàn)與SLEDAI-2K評(píng)分存在相關(guān)性(均有P>0.05)。

9、 ?。?)四個(gè)SNP位點(diǎn)與SLE的易感性被納入分析:lnc-DC的rs10515177位點(diǎn);linc0597(BZRAP1-AS1)的rs2070107, rs2632516和 rs2877877位點(diǎn)。結(jié)果顯示,linc0597的rs2070107位點(diǎn)基因型CC與GG在SLE病例和健康對(duì)照中的分布頻率存在不同,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(?2=7.164,P=0.007)。調(diào)整性別、年齡后差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(?2=5.000,P=0.025);遺傳

10、模型分析顯示,SLE病例和健康對(duì)照在隱形模型(CC vs CG+GG)中差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(?2=7.244,P=0.007),調(diào)整性別、年齡后差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(?2=5.220,P=0.022)。其余l(xiāng)ncRNA的SNPs位點(diǎn)(rs10515177, rs2632516, rs2877877)基因多態(tài)性均未發(fā)現(xiàn)與 SLE易感性存在關(guān)聯(lián)(均有P>0.0125)。
 ?。?)在34個(gè)SLE病例中的研究發(fā)現(xiàn),rs2070107位點(diǎn)基因多

11、態(tài)性(CC+CG vs GG)與linc0597在PBMCs中的表達(dá)水平有關(guān),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(Z=-2.236,P=0.025)。
  結(jié)論:
  Linc0597,lnc-DC,GAS5在SLE病例中的表達(dá)水平較健康對(duì)照中的明顯下調(diào),但linc0949在SLE病例和健康對(duì)照中的表達(dá)水平無(wú)明顯差異。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),SLE合并LN病例中的linc0597表達(dá)水平要低于非LN病例中的,且linc0597的表達(dá)水平可能與SLE疾

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