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![NF-κB信號通路相關基因多態(tài)性及其交互作用與系統(tǒng)性紅斑狼瘡的關聯(lián)性研究.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/19/12/c08c6994-772f-43cf-8be0-4d2c08aef156/c08c6994-772f-43cf-8be0-4d2c08aef1561.gif)
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文檔簡介
1、研究背景:
系統(tǒng)性紅斑狼瘡(systemic lupus erythematosus,SLE)是一種由多因素引起并累及全身多臟器的系統(tǒng)性自身免疫病。盡管SLE的病因與發(fā)病機制至今尚未完全闡明,大量流行病學研究表明遺傳因素在SLE的發(fā)生、發(fā)展中扮演了重要角色。近年來,隨著全基因組關聯(lián)研究(genome-wide association study,GWAS)和大樣本、多種族候選基因研究的不斷開展,目前已發(fā)現(xiàn)并確認了幾十個與SLE
2、遺傳易感性相關的基因/區(qū)域,然而這些已經發(fā)現(xiàn)的遺傳因素尚不足以完全解釋該病的遺傳度,而尚未發(fā)現(xiàn)的遺傳變異及其交互作用則是尚未發(fā)現(xiàn)遺傳度的重要組成部分。
最近,一系列研究報道了核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信號通路相關基因多態(tài)性位點(NFKB1 rs28362491、REL rs13031237、REL rs842647、B細胞κ輕鏈基因增強子核因子抑制樣蛋白1(nuclear factor of
3、 kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor-like1,NFKBIL1) rs2071592、B細胞κ輕鏈基因增強子抑制蛋白激酶β(inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase beta, IKBKB) rs12676482、腫瘤壞死因子受體相關因子6(TNF rece
4、ptor-associated factor6,TRAF6) rs4755453、TRAF6 rs5030437、腫瘤壞死因子α誘導蛋白3(tumor necrosis factor alpha-induced protein3, TNFAIP3) rs2230926、TNFAIP3相互作用蛋白1(TNFAIP3-interacting protein1,TNIP1) rs10036748與TNIP1 rs3792783)與SLE和/或
5、其他自身免疫性疾病的遺傳易感性相關。NF-κB是一個存在于多種細胞中的多效性轉錄因子家族,可由多種刺激信號(細菌/病毒感染、細胞因子與氧化應激等)誘導活化,激活的NF-κB轉錄因子進入細胞核與靶基因啟動子結合而調節(jié)靶基因轉錄,這些靶基因產物參與調節(jié)炎癥反應及免疫應答。大量研究表明NF-κB活化異常會導致炎癥反應與免疫應答異常,并與包括SLE在內的多種自身免疫疾病的發(fā)生相關。
自身免疫性疾病是一組由于自身免疫耐受破壞導致機體免疫
6、系統(tǒng)攻擊自身抗原而引起的疾病,此類疾病由于臨床表型相似,有時可在同一個體或家族同時發(fā)生多種自身免疫性疾病,表明這類疾病可能存在共同的遺傳背景。近年來,隨著自身免疫性疾病遺傳關聯(lián)研究的不斷開展,尤其是同一個基因位點在不同自身免疫病中的驗證研究和同一個基因位點與多種自身免疫病遺傳易感性關聯(lián)研究的meta分析也證實了自身免疫性疾病確實存在共同的遺傳易感位點,表明這些疾病可能具有共同的分子致病機制與生物學通路。
交互作用分析與選用的交
7、互作用模型有關,因而我們擬分別分析相加模型交互作用與相乘模型交互作用。此外,我們擬采用多因子降維(multifactor dimensionality reduction,MDR)軟件分析高階交互作用。MDR是一種無需指定遺傳模型(顯性遺傳模型與隱性遺傳模型)和交互作用模型(相加模型與相乘模型)的分析方法,近年來在高階交互作用研究中得到了廣泛應用,該方法以疾病易感性分類(高危、低危)的方式進行建模,將納入研究的多個因子看作一個多因子組合
8、,把高維結構降到單維二水平。
目的:
通過檢測SLE病例與正常對照中上述 NF-κB信號通路相關基因多態(tài)性位點(NFKB1 rs28362491、REL rs13031237、REL rs842647、NFKBIL1 rs2071592、IKBKB rs12676482、TRAF6 rs4755453、TRAF6 rs5030437、TNFAIP3 rs2230926、TNIP1 rs10036748與TNIP1 r
9、s3792783),分析其與中國人群SLE遺傳易感性和SLE臨床特征的關系,并進一步分析這些基因多態(tài)性位點間的交互作用。
方法:
采用病例對照研究設計方案。SLE病例來自于安徽醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院風濕免疫科和安徽醫(yī)科大學附屬省立醫(yī)院風濕免疫科的門診和住院患者,所有患者均符合美國風濕病協(xié)會(American College of Rheumatology,ACR)1997年修訂的SLE分類標準。正常對照來自于安徽醫(yī)科大
10、學第一附屬醫(yī)院體檢中心的正常體檢人群、安徽醫(yī)科大學教職工和學生中的健康志愿者,嚴格排除SLE與其它自身免疫性疾病。研究對象知情同意后,采用課題組自行設計的調查問卷收集SLE患者的一般人口學特征與臨床特征等信息,對于正常對照則只收集了性別與年齡信息,同時抽取SLE病例與正常對照5 ml外周靜脈血,提取基因組DNA。運用Sequenom MassARRAY技術檢測基因多態(tài)性位點。采用Epi Data3.02軟件錄入資料。運用STATA10.
11、0軟件評估正常對照組中各基因多態(tài)性位點的基因型頻率分布是否符合哈迪-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。利用Power and Sample Size Calculation軟件計算把握度。采用SPSS10.01軟件進行卡方檢驗、t檢驗和Logistic回歸分析。關聯(lián)強度以比值比(odds ratio,OR)及其95%置信區(qū)間(confidence interval,CI)表示,以α=0.05為一
12、類檢驗水準,多重比較時采用Bonferroni法對一類檢驗水準進行矯正。運用叉生分析表評估相加模型交互作用,采用 Logistic回歸模型計算相乘模型交互作用,利用MDR軟件分析高階交互作用。
結果:
?。?)研究對象一般情況:本課題共上機檢測DNA標本1862例,其中SLE病例883例,正常對照979例,考慮到基因多態(tài)性位點間交互作用分析,我們只納入所有位點均分型成功的樣本,最終共納入SLE病例845例,正常對照95
13、0例。SLE病例組中男性89例,女性756例,年齡最小者10歲,最大者76歲,平均年齡為(35.742±12.709)歲。正常對照組中男性292例,女性658例,年齡最小者20歲,最大者81歲,平均年齡為(32.456±11.665)歲。SLE病例組與正常對照組的性別構成、平均年齡均有統(tǒng)計學差異(χ2=109.184,P<0.001;t=5.625,P<0.001);
?。?) SLE患者臨床特征:在臨床特征資料齊全的769例S
14、LE患者中,關節(jié)炎453例(58.9%),顴部紅斑342例(44.5%),腎臟病變320例(41.6%),口腔潰瘍152例(19.8%),神經系統(tǒng)異常112例(14.6%),光敏感87例(11.3%),盤狀紅斑81例(10.5%)和漿膜炎41例(5.3%);
(3) HWE檢驗:10個基因多態(tài)性位點在正常對照組中的基因型頻率分布均符合HWE(NFKB1 rs28362491位點:χ2=5.143,P=0.023;REL rs1
15、3031237位點:χ2=0.396, P=0.529;REL rs842647位點:χ2=0.414, P=0.520;NFKBIL1 rs2071592位點:χ2=0.201,P=0.654;IKBKB rs12676482位點:χ2=0.009, P=0.925;TRAF6 rs4755453位點:χ2=0.191,P=0.662;TRAF6 rs5030437位點:χ2=0.278,P=0.598;TNFAIP3 rs22309
16、26位點:χ2=0.066,P=0.798;TNIP1 rs10036748位點:?2=5.581,P=0.018;TNIP1 rs3792783位點:χ2=1.000, P=0.317);
?。?) NF-κB信號通路相關基因多態(tài)性與SLE遺傳易感性的關聯(lián)研究:我們分析了各基因多態(tài)性位點基因型與等位基因頻率分布在SLE病例組與正常對照組之間的差異,同時也分析了各基因多態(tài)性位點風險等位基因在不同遺傳模型(顯性遺傳模型與隱性遺傳模
17、型)下與SLE遺傳易感性之間的關聯(lián)情況,研究結果表明NFKB1 rs28362491位點(del vs. ins:χ2=3.944,P=0.047, OR=1.144,95% CI1.002-1.307)、NFKBIL1 rs2071592位點(A vs. T:χ2=7.580,P=0.006,OR=1.205,95%CI1.055-1.376;A/A+T/A vs. T/T:χ2=6.235,P=0.013,OR=1.362,95%C
18、I1.068-1.736;A/A vs. T/A+T/T:χ2=4.175,P=0.041,OR=1.228,95%CI1.008-1.495)、TNFAIP3 rs2230926位點(G vs. T:χ2=10.172,P=0.001,OR=1.557,95%CI1.184-2.048;G/G+G/T vs. T/T:χ2=10.042,P=0.002,OR=1.585,95%CI1.190-2.111)及TNIP1 rs100367
19、48位點(T vs. C:χ2=8.140,P=0.004,OR=1.261,95%CI1.075-1.478;T/T vs. T/C+C/C:χ2=12.594,P=3.870×10-4,OR=1.412,95%CI1.167-1.708)與中國人群SLE遺傳易感性相關,而未發(fā)現(xiàn)其他6個基因多態(tài)性位點與中國人群SLE遺傳易感性相關??紤]到SLE病例組與正常對照組間的性別構成與年齡分布差異,我們也分析了矯正性別與年齡后的關聯(lián)結果,其分析
20、結果與矯正前一致。NFKB1 rs28362491位點、NFKBIL1 rs2071592位點與SLE遺傳易感性的關聯(lián)結果經Bonferroni法矯正后無統(tǒng)計學意義;
?。?) NF-κB信號通路相關基因多態(tài)性與SLE臨床特征的關聯(lián)研究:我們根據SLE病例是否具備某項臨床特征將其分為兩組,比較分析兩組間各基因多態(tài)性位點等位基因頻率分布差異,研究結果表明NFKB1 rs28362491位點與SLE患者伴發(fā)關節(jié)炎相關(del vs.
21、 ins:χ2=6.901,P=0.009,OR=1.318,95%CI1.072-1.619),NFKBIL1 rs2071592位點與SLE患者伴發(fā)漿膜炎相關(A vs. T:χ2=5.474,P=0.019,OR=0.590,95%CI0.378-0.922),而未發(fā)現(xiàn)其他基因多態(tài)性位點與SLE臨床特征相關;
?。?) NF-κB信號通路相關基因多態(tài)性交互作用與SLE的關聯(lián)研究:
?、傧嗉幽P徒换プ饔梅治鲲@示NFK
22、B1 rs28362491位點與TNFAIP3 rs2230926位點存在交互作用(交互作用超額相對危險度(relative excess risk of interaction, RERI)=0.98,95%CI=0.02-1.93;交互作用歸因比(attributable proportion of interaction,AP)=43.2%,95%CI=0.12-0.74);
?、谙喑四P徒换プ饔梅治鲲@示NFKB1 rs2
23、8362491位點與TNIP1 rs3792783位點存在交互作用(P=0.03), NFKB1 rs28362491位點與IKBKB rs12676482位點間存在交互作用趨勢(P=0.08);
?、跰DR分析沒有發(fā)現(xiàn)具有統(tǒng)計學意義的最佳組合模型。
結論:
本課題研究結果表明NFKB1 rs28362491位點、NFKBIL1 rs2071592位點、TNFAIP3 rs2230926位點及TNIP1 rs
24、10036748位點與中國人群SLE遺傳易感性相關, NFKB1 rs28362491位點與SLE患者伴發(fā)關節(jié)炎相關,NFKBIL1 rs2071592位點與SLE患者伴發(fā)漿膜炎相關。此外,NFKB1 rs28362491位點與TNFAIP3 rs2230926位點之間存在相加模型交互作用,NFKB1 rs28362491位點與TNIP1 rs3792783位點之間存在相乘模型交互作用。這些研究結果從遺傳學角度表明NF-κB信號通路與S
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