1、牡丹（Paeonia suffruticosa）為芍藥科（Paeoniaceae）芍藥屬（Paeonia）牡丹組（sect. Moutan DC.）落葉小灌木，花期短且集中，同時(shí)我國(guó)牡丹栽培品種以中花品種占優(yōu)勢(shì)，早晚花品種比例很小，嚴(yán)重限制了牡丹觀賞應(yīng)用和國(guó)際化市場(chǎng)的發(fā)展。因此，深入研究牡丹開(kāi)花分子機(jī)理對(duì)于開(kāi)花機(jī)制解析及其花期調(diào)控具有重要意義。本研究以早花品種‘鳳丹’為母本，晚花品種‘新日月錦’為父本，構(gòu)建分離群體，選取父本、母本及其雜

2、交后代中開(kāi)花特早、特晚個(gè)體的盛花期花瓣為試材，提取RNA，構(gòu)建早花混池和晚花混池，基于Illumina HiSeqTM2500平臺(tái)，進(jìn)行BSR-Seq分析，主要研究結(jié)果如下：
　　（1）利用 BSR-Seq技術(shù)對(duì)4個(gè)樣本進(jìn)行測(cè)序，父本得到37,069,313條reads，母本得到33,883,337條reads，而早、晚花兩個(gè)混池平均得到76,779,815條reads，通過(guò)嚴(yán)格的篩選，共得到56.51 Gb Clean Data

3、，且各樣品的Q30堿基百分比均大于85％，GC分布正常，含量平均為44.70%。這表明BSR-Seq建庫(kù)成功。序列經(jīng)過(guò)組裝共得到173,960條Transcript和78,645條Unigene。
　?。?）通過(guò)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的組裝，共得到3,457,732條 Contigs，173,960條Transcript和78,645條Unigene。Contigs的平均長(zhǎng)度為59.211 bp，Transcripts的平均長(zhǎng)度為1106.7

4、4 bp，Unigene的平均長(zhǎng)度為732.27 bp。且其中Transcript和Unigene的N50分別為1781 bp和1282 bp，這表明基因組拼接結(jié)果較好。
　?。?）使用 BLAST軟件將Unigene序列與 NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，預(yù)測(cè) Unigene的氨基酸序列，然后使用HMMER軟件與Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，獲得Unigene的注釋信息。最終在NR數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋到2

5、7,774個(gè)Unigene，在GO數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋到15,324個(gè)，在KOG中獲得15,919個(gè)，在 Pfam中得到18,130個(gè)，在Swiss-Prot中獲得17,324個(gè)，在COG中注釋到7,978個(gè)，在KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中得到9,572個(gè)。共獲得58,084個(gè)有注釋的Unigene。
　　（4）通過(guò)基因差異表達(dá)的分析，得到父母本中差異表達(dá)基因最多，共為4789個(gè)，其中2309個(gè)上調(diào)基因，2480個(gè)下調(diào)基因。子代中差異基因?yàn)?783個(gè)

6、，包括1879個(gè)上調(diào)基因，1094個(gè)下調(diào)基因。早花混池與親本兩混池中差異表達(dá)基因總數(shù)均在4000以上，而晚花混池與親本兩混池中差異表達(dá)基因總數(shù)均在3000以上。
　　（5）通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能顯著性富集分析，得出父母本間的差異表達(dá)Unigene有3132條歸入生物學(xué)過(guò)程，1425條歸入細(xì)胞組分，1686條歸入分子功能；早晚花間的差異表達(dá)Unigene有4133條歸入生物學(xué)過(guò)程，1748條歸入細(xì)胞組分，2299條歸入分子功

7、能。
　?。?）通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG注釋，得到父母本間的差異基因在淀粉和蔗糖代謝通路中富集47個(gè)，碳代謝33個(gè)，植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)31個(gè)，苯丙素生物合成31個(gè)；在早晚花之間的差異基因在植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)上有50個(gè)，在淀粉和蔗糖代謝上49個(gè)，碳代謝44個(gè)，苯丙素生物合成35個(gè)，氨基酸生物合成34個(gè)。
　　（7）通過(guò)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的開(kāi)發(fā)，共得到了219,291個(gè) SNP位點(diǎn)，父本190,392個(gè)，母本185,929個(gè)，早花池2

8、07,438個(gè)，晚花池206,410個(gè)。通過(guò)過(guò)濾，與親本的差異位點(diǎn)有9579個(gè)，混池間的差異位點(diǎn)有161,888個(gè)。
　?。?）通過(guò)BSR關(guān)聯(lián)分析，最終篩選出9個(gè)顯著富集關(guān)聯(lián)位點(diǎn)的Unigene序列，它們是 c42942.graph_c0、 c46352.graph_c0、 c58332.graph_c0、c58361.graph_c0、 c54876.graph_c0、 c57417.graph_c0、 c55633.graph