1、比較基因組學(xué)是后基因組時(shí)代基因組研究的一項(xiàng)重要內(nèi)容.面對(duì)比較基因組學(xué)中龐大而復(fù)雜的基因組數(shù)據(jù),建立一個(gè)合適的基因組分析工具不僅能起到有效的輔助作用,而且可以相當(dāng)顯著地提高工作效率. 該研究根據(jù)需要,設(shè)計(jì)和開(kāi)發(fā)了"SeqAs"序列分析軟件,軟件主體部分共有20個(gè)模塊,涉及序列編輯、氨基酸翻譯、在線Blast比對(duì)、序列數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)等.軟件的分析輔助功能較為全面,與同類軟件相比, 該軟件最顯著的特點(diǎn)就是能進(jìn)行同源性比對(duì)分析時(shí)多個(gè)序列數(shù)據(jù)庫(kù)和比對(duì)

2、結(jié)果數(shù)據(jù)集的瀏覽、查詢和數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析.軟件運(yùn)行穩(wěn)定、界面友好、通用性較強(qiáng). 該研究中利用多種植物的數(shù)據(jù)庫(kù),特別是擬南芥的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)和GeneBank的核酸、Swiss-prot的蛋白質(zhì)以及EST數(shù)據(jù)庫(kù),結(jié)合較可靠的基因預(yù)測(cè)軟件FgeneSH及自行設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)的序列分析軟件"SeqAs",對(duì)擬南芥和粳稻基因組中與部分信號(hào)傳導(dǎo)、代謝、蛋白質(zhì)合成、細(xì)胞生長(zhǎng)和細(xì)胞分裂有關(guān)的5類基因作了同源性比較分析,分析結(jié)果表明這5類239個(gè)擬南芥基因在粳稻基

3、因組中僅有54個(gè)基因能找到一定程度的同源性,同源率為22.6％,同源程度相對(duì)較低.在這5類基因中,同源程度從高到低依次為"蛋白質(zhì)合成">"細(xì)胞生長(zhǎng)">"代謝">"細(xì)胞分裂">"部分信號(hào)傳導(dǎo)",它們的同源率分別為100％、80％、52.2％、44.4％和6.9％.另外,在DNA水平上具有很高同源性的(E值≤1E-30)序列有14條,較高的(1E-4≤E值<1E-10)有16條,較低的(E值>1E-4)有16條;在氨基酸水平上,同源程度很高