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![紅掌轉(zhuǎn)錄組測序及花青素生物合成途徑差異表達(dá)基因的分析.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/1/9/b59faeca-6918-4db5-b96a-383f16cd0454/b59faeca-6918-4db5-b96a-383f16cd04541.gif)
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文檔簡介
1、紅掌(Anthurium andreanum)作為具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值的盆花、切花種類。以佛焰苞為主要觀賞部位,其顏色是決定商品價(jià)值的最重要因素。傳統(tǒng)的雜交育種方式耗時(shí)長、后代變異大,選種困難;利用誘變育種,獲得變異植株概率小,很難得到變異后代;分子育種是培育新品種的新方法,但因目前對紅掌分子研究背景缺乏,分子方面研究相對滯后。為提高紅掌選育效率,有必要建立紅掌性狀控制的分子遺傳學(xué)基礎(chǔ),因此建立紅掌基因組數(shù)據(jù)庫意義重大。本研究采用新一代高通
2、量Illumina HiSeq/MiSeq測序方法對紅掌8個(gè)連續(xù)生長期(S1-S8)做轉(zhuǎn)錄組測序,并對S5(盛花期:紅色)和S8(衰老期:綠色)時(shí)期分別做數(shù)字基因表達(dá)譜(DGE)測序,豐富了紅掌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫信息,獲得控制紅掌佛焰苞花青素生物合成途徑中顏色變化的關(guān)鍵基因。為后續(xù)功能基因克隆、分子標(biāo)記篩選以及基因改良育種等提供了背景參考。具體研究結(jié)果如下:
1、對紅掌佛焰苞整個(gè)生長周期進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序得到有效基因序列(clean r
3、eads)56445573條,數(shù)據(jù)量達(dá)5.64 G,并得到長度分布在200-2000 bp的單基因簇(unigene)64576條,豐富了紅掌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)信息。
2、對S5(盛花期:紅色)和S8(衰老期:綠色)時(shí)期進(jìn)行數(shù)字基因表達(dá)譜測序,分別得到12766374條(1.28 G)和18583390條(1.86 G)可分析序列(clean reads),其中被成功注釋有差異表達(dá)的基因序列2316條。
3、轉(zhuǎn)錄組結(jié)合數(shù)字基
4、因表達(dá)譜測序,得到了在S5和S8兩個(gè)時(shí)期差異表達(dá)的10條與花青素生物代謝途經(jīng)有關(guān)的基因序列,通過NCBI比對,10條序列確定為8種基因,分別為查耳酮合成酶(CHS)、查耳酮異構(gòu)酶(CHI)、黃烷酮-3β-羥化酶(F3H)、類黃酮3'-羥化酶(F3'H)、二氫黃酮醇還原酶(DFR)、花色苷合酶(ANS)、無色花色苷還原酶(LAR)和肉桂酸-4-羥化酶(C4H),推測這10條基因序列在紅掌佛焰苞顏色變化過程中起著關(guān)鍵作用。
4、得
5、到10條基因序列的特異擴(kuò)增產(chǎn)物,通過qRT-PCR與DGE相互驗(yàn)證得到,該10條序列基因表達(dá)量均在S8中下調(diào),與DGE測序結(jié)果趨勢一致,證明了測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。
5、通過監(jiān)測10條基因序列在紅掌佛焰苞整個(gè)生長周期的表達(dá)量變化,得到S3時(shí)期是紅掌佛焰苞花青素合成的高峰期;在S5、S6、S7和S8時(shí)期,隨著佛焰苞的成熟,10條序列表達(dá)量均逐漸下降,在S8衰老期10條基因序列的表達(dá)量達(dá)到最低。這10條基因序列是紅掌佛焰苞花色形成中的
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