1、1.櫛孔扇貝SNP的篩選本研究隨機(jī)選取了500條櫛孔扇貝454測(cè)序的cDNA序列,針對(duì)其中的候選位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物和探針,共有259對(duì)引物成功擴(kuò)增,引物可用率為68.5％,產(chǎn)物的大小在70-900bps之間,與預(yù)期一致的有187對(duì)引物。取PCR產(chǎn)物大小在70-150 bps之間的引物對(duì)作為可用的引物,共187對(duì),占引物設(shè)計(jì)總設(shè)計(jì)數(shù)目的49.5％。用6個(gè)個(gè)體對(duì)這187對(duì)引物進(jìn)行探針驗(yàn)證,可用于分型的有101個(gè)位點(diǎn),探針的可用率為54％。

2、　　 實(shí)驗(yàn)采用HRM方法分型,用5個(gè)野生群體的48個(gè)個(gè)體進(jìn)行篩選,共得到44個(gè)多態(tài)的SNP位點(diǎn),包括34個(gè)轉(zhuǎn)換和10個(gè)顛換。這44個(gè)多態(tài)位點(diǎn)來(lái)源的cDNA序列總長(zhǎng)約為27646 bps,占總候選位點(diǎn)數(shù)目的17.4％,開(kāi)發(fā)位點(diǎn)的密度相當(dāng)于約630 bps／SNP。
　　 用青島群體的48個(gè)個(gè)體對(duì)這44個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行遺傳評(píng)價(jià)。位點(diǎn)的主要遺傳參數(shù)顯示:44個(gè)位點(diǎn)在這5個(gè)群體中均具有多態(tài)性,期望雜合度在0.100到0.505之間,觀測(cè)雜合

3、度在0.104到0.875之間,其中有40個(gè)位點(diǎn)符合哈溫平衡。以上結(jié)果表明櫛孔扇貝基因組的轉(zhuǎn)錄區(qū)域變異度較高。
　　 2.單倍型的構(gòu)建從數(shù)據(jù)庫(kù)中選取采用48個(gè)青島群體分型的SNP位點(diǎn),將所在序列進(jìn)行聚類得到8個(gè)Block,長(zhǎng)度在376-2359 bps之間,平均長(zhǎng)度為972 bps,每個(gè)Block包含3或4個(gè)SNP。PAGE檢測(cè)顯示C34869CHF、C5273CHF長(zhǎng)度與預(yù)期大小基本一致。采用PHASE2.1程序進(jìn)行單倍型的構(gòu)

4、建及單倍型頻率的計(jì)算8個(gè)Block的單倍型及頻率,單倍型的數(shù)量在8到16之間,位點(diǎn)的平均等位形式數(shù)目為12。
　　 C16019CHF和C5471CHF分別有三種和兩種主要的等位形式,其分布頻率分布在0.000206—0.069202之間,單倍型頻率差異顯著,單倍型可確定的個(gè)體數(shù)為分別為28和29。C34869CHF的16種單倍型頻率差異不顯著,單倍型可確定的個(gè)體數(shù)僅為1。其他5個(gè)區(qū)域的單倍型頻率分布情況與C16019CHF和C