白菜RING基因家族的全基因組鑒定與表達(dá)分析.pdf_第1頁
已閱讀1頁,還剩146頁未讀, 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進(jìn)行舉報或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡介

1、含有RING結(jié)構(gòu)域的RING指類E3泛素連接酶是參與26S蛋白酶體系統(tǒng)中的最重要的酶類型之一。越來越多的 RING指蛋白基因被發(fā)現(xiàn)參與到各種重要的生物學(xué)過程中。本研究從白菜(Brassica rapa,AA,2n=20)基因組數(shù)據(jù)中共鑒別出了715個RING指蛋白基因含731個RING結(jié)構(gòu)域,后者可進(jìn)一步被分為8個類型:RING-H2(371),RING-HCa(215),RING-HCb(47), RING-v(44),RING-C2

2、(38),RING-D(10),RING-S/T(5)和RING-G(1)。按照是否還含有其它的結(jié)構(gòu)域及其類型,715個RING指蛋白又可被分成51個組。其中700個RING指蛋白基因可以被制圖到繪制白菜的10條染色體上:每條染色體上含有47~111個 RING指蛋白基因。通過對白菜和擬南芥的RING指蛋白基因之間的同源關(guān)系比較顯示:在白菜基因組中,僅在50例情況下,被三倍復(fù)制的三個拷貝完好的存在于三個亞基因組上(LF, MF1和MF2

3、);而在146例情況下,被三倍復(fù)制的三個拷貝中僅有兩個拷貝被完好的保留下來;在294例情況下,被三倍復(fù)制的三個拷貝中僅有一個拷貝被完好的保留下來。有57個白菜RING指蛋白基因和58個擬南芥RING指蛋白基因發(fā)生了銜接重復(fù)。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析表明:其中有667個 RING指蛋白基因在1至多種白菜組織器官中表達(dá),證明它們參與到了白菜的各種生理和發(fā)育過程中。通過對它們對應(yīng)的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的聚類分析,可以將其分為7個大類,

4、其中1類含有231個都趨于在葉片表達(dá)的 RING指蛋白基因,因而可以作為研究蕓薹屬(Brassica)作物葉球性狀形成的遺傳和分子機(jī)制的候選基因。利用半定量RT-PCR技術(shù)對其中的29個有代表性的不同類型的RING指蛋白基因進(jìn)行了表達(dá)模式的驗證。此外,利用利用實時熒光定量 PCR(qRT-PCR)技術(shù)對其中的17個有代表性的RING指蛋白基因在鹽和干旱脅迫條件下的表達(dá)模式進(jìn)行了分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)其中有14和13個基因分別受鹽和干旱脅迫誘導(dǎo)表

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論