1、實用生物信息技術課程第8次作業(yè)1《實用生物信息技術》課程教學實例《實用生物信息技術》課程教學實例姓名________學號______________編號_____日期________年___月___日以下四題，可根據(jù)本人課題實際情況，選擇其中一道或兩道以下四題，可根據(jù)本人課題實際情況，選擇其中一道或兩道1.豌豆開花后特異表達基因豌豆開花后特異表達基因及其編碼內(nèi)膜蛋白及其編碼內(nèi)膜蛋白PPF11)參閱文獻(Zhuetal.1998)，及Pu

2、bMed數(shù)據(jù)庫中豌豆開花后特異表達基因PPF1相關研究論文，簡述PPF1序列特征、表達特異性，以及可能的生物學功能。2)檢索UniProt數(shù)據(jù)庫中豌豆內(nèi)膜蛋白PPF1，總結(jié)該序列條目的一般注釋信息、序列注釋信息、數(shù)據(jù)庫交叉鏈接。3)找出擬南芥中PPF1同源蛋白ALB3，通過數(shù)據(jù)庫交叉鏈接，瀏覽其編碼基因在擬南芥資源庫AraPt和TAIR中的注釋信息，說明基因組定位、基因結(jié)構、可變剪接方式、表達特異性、突變體，及其所編碼的蛋白質(zhì)的功能、亞

3、細胞定位、組織特異性、互作蛋白、結(jié)構域特征，以及相關的文獻資源。4)利用讀碼框分析程序，分析并提取PPF1全長mRNA序列中編碼區(qū)核苷酸序列和所編碼的氨基酸序列。5)利用密碼子統(tǒng)計程序，分析豌豆PPF1和擬南芥中同源基因ALB3密碼子使用特征；利用內(nèi)切酶分析程序，分析豌豆PPF1基因的酶切位點；利用引物設計程序，設計PPF1基因mRNA序列的引物。6)利用ProtScale蛋白質(zhì)序列特征波形圖顯示工具，分析PPF1不同區(qū)域疏水和親水、柔

4、性和剛性、溶劑可及性、空間位阻、二級結(jié)構等序列特征。7)利用多種跨膜螺旋預測程序，預測PPF1跨膜螺旋，并比較預測結(jié)果的異同；利用alpha螺旋輪顯示程序，繪制跨膜螺旋的螺旋輪，說明跨膜區(qū)的序列特征。8)利用PredicProtein蛋白質(zhì)結(jié)構和功能預測網(wǎng)站，預測PPF1二級結(jié)構、無規(guī)卷曲、溶劑可及性、亞細胞定位、突變位點敏感性。9)利用Phyre2網(wǎng)站，預測擬南芥PPF1三維空間結(jié)構，并用RunInvestigat工具分析預測結(jié)果，與

5、所用模板進行序列和結(jié)構比對。10)通過以上PPF1及其同源蛋白ALB3實例，說明核酸和蛋白質(zhì)序列分析思路和方法，以及分析結(jié)果對下一步實驗研究的作用。2.河豚魚基因組序列片段和多藥耐藥基因分析河豚魚基因組序列片段和多藥耐藥基因分析1)閱讀劉勇博士論文摘要，簡述研究目的、方法和結(jié)果。閱讀河豚魚基因組測序計劃相關論文，說明河豚魚基因組特點。閱讀MoleculeoftheMonth有關多藥耐藥蛋白的文章，說明哺乳動物和細菌多藥耐藥蛋白的異同。2

6、)檢索UniProt數(shù)據(jù)庫中ABCB1基因家族，列表說明已經(jīng)過人工審閱的序列條目；對上述序列進行多序列比對，說明比對結(jié)果。瀏覽人多藥耐藥基因蛋白質(zhì)注釋信息、文獻報道和數(shù)據(jù)庫交叉鏈接，說明其功能、亞細胞定位、組織特異性、互作蛋白、結(jié)構域特征，及其編碼基因的基因結(jié)構、基因組定位、表達特異性、剪接變體等信息。3)提取GenBank數(shù)據(jù)庫中劉勇等提交的柯氏質(zhì)粒河豚魚基因序列片段全長序列，用點陣實用生物信息技術課程第8次作業(yè)36)從PDB數(shù)據(jù)庫分