1、分類號(hào)：密 級(jí)：學(xué)校代碼：學(xué) 號(hào)：逢掌虛可耗犬擎碩士學(xué)位論文一 一‰文鹽生植物遼寧堿蓬( S u a e d a l i a o t u n g e n s i s K ．)轉(zhuǎn)錄組測序及分析作者姓名：學(xué)科、專業(yè)：研究方向：導(dǎo)師姓名：曹盈植物學(xué)1 羽玩F 于至碭弓瓢因工程2013 年5 月遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文摘 要遼寧堿蓬( S u a e d al i a o m n g e n s i s K ．) 是藜科( C h e n o

2、p o d i a c e a e ) 堿蓬] 囂( S u a e d a ) - - 年生草本植物，具有很強(qiáng)的耐鹽性，可大量生長于鹽堿土壤中。隨著土地鹽堿化的加劇，植物耐鹽機(jī)制研究成為目前研究的熱點(diǎn)問題。遼寧堿蓬作為一種典型的鹽生植物，是研究植物耐鹽機(jī)制的好材料。新一代高通量測序技術(shù)相對(duì)于傳統(tǒng)測序方法具有成本低、周期短、準(zhǔn)確性高等優(yōu)點(diǎn)，并且不受物種是否存在參考基因組的限制，己廣泛應(yīng)用到植物轉(zhuǎn)錄組的研究領(lǐng)域中。本研究首次應(yīng)用I l l

3、 u m i n a ／S o l e x a 高通量測序技術(shù)對(duì)遼寧堿蓬轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序，并對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，主要結(jié)果如下：1 ．本次轉(zhuǎn)錄組測序共獲得3 9 7 2 4 7 1 4 條讀序，每條序列為1 0 0 b p ，所測總數(shù)據(jù)量為3 9 7 2 4 7 1 4 0 0b p 。將所得的短序列用S O A P d e n o v o 軟件進(jìn)行從頭組裝，得到4 4 3 2 8 個(gè)c o n f i g s ，2 3 9 2 3 個(gè)s

4、 c a f f o l d s ，最終得到1 7 9 7 6 條具較高注釋可信度的u n i g e n e s 。2 ．將拼接好的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與蛋白數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)，對(duì)遼寧堿蓬轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行功能注釋，其中比對(duì)到葡萄( V m s v i n i f e r a ) 、毛果楊( P o p u l u st r i c h o c a r p a ) 、蓖麻( R i c i n u sc o m m u n i s )的u n i g e

5、n e s 最多，分別占u n i g e n e s 總數(shù)的3 1 ．9 5 ％、1 7 ．3 5 ％、1 4 ．“％。3 ．對(duì)遼寧堿蓬轉(zhuǎn)錄組u n i g e n e s 進(jìn)行G O ，K O G 功能分類，發(fā)現(xiàn)有大量的u n i g e n e s與結(jié)合功能、代謝過程和催化反應(yīng)功能相關(guān)。通過K E G G 代謝通路分析，將遼寧堿蓬轉(zhuǎn)錄組的u n i g e n e s 注釋到了2 6 4 個(gè)代謝通路中，包括與植物耐鹽性相關(guān)的一些重

6、要物質(zhì)的代謝途徑。以上這些注釋結(jié)果提供了有價(jià)值的資源，有助于研究遼寧堿蓬中一些關(guān)鍵物質(zhì)代謝的特定過程、功能及路徑，亦有助于識(shí)別與某些代謝物合成相關(guān)的新基因。4 ．在所得的遼寧堿蓬轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中，挖掘直接與抗鹽性相關(guān)的基因1 1 條，與植物抗逆性相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子5 8 個(gè)。對(duì)這些基因和轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行相關(guān)實(shí)驗(yàn)可進(jìn)一步深入研究遼寧堿蓬的耐鹽機(jī)理。5 ．根據(jù)遼寧堿蓬轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)信息，利用P C R 擴(kuò)增的方法獲得了一段長度為5 4 3b p