1、分子動力學模擬是指對于原子核和電子所構成的多體系統(tǒng)，其中每一原子核被視為在全部其他原子核和電子所提供的經(jīng)驗勢場作用下按牛頓定律運動，進而得到體系中的粒子的運動軌跡，再按照統(tǒng)計物理的方法計算得出物質的結構和性質等。
　　 本論文主要是研究咖啡因、安定、脫氫膽酸以及前列腺素E1四種藥物分別和β-環(huán)糊精及其衍生物(麥芽糖-β-環(huán)糊精、羥丙基-β-環(huán)糊精)形成的復合物在水溶液體系中的分子動力學模擬(molecular dynamics

2、simulation，MD)的相互比較，從而找出適合不同分子結構的藥物分子藥物運輸載體。
　　 本課題運用了目前最常用的分子動力學模擬軟件——GROMACS，應用GROMOSS96力場模擬了20 ns，還使用了很多輔助分析計算軟件，如Accelrys viewerpro、Matlab、Chemdraw、Origin等。通過對于每種藥物和三種環(huán)糊精形成的不同的復合物體系模擬，對于每個體系進行了作用能、均方根偏差、構象變化、氫鍵、徑