1、該文包括三個部分.第一部分,針對自由態(tài)分子對接問題,提出了一個有效的蛋白質-蛋白質軟對接方法;第二部分,在軟對接方法的基礎上,我們發(fā)展了一個依賴于復合物類型的分子對接算法;第三部分是關于對接算法中打分函數的研究.論文的主要研究內容包括以下方面:(1)在WOdak和Janin的剛性對接算法基礎上,針對自由態(tài)分子對接問題,提出了一個蛋白質-蛋白質軟對接方法.(2)在軟對接方法的基礎上,我們對過濾方案作了進一步的改進,得到了依賴于復合物類型的

2、分子對接方法.根據復合物界面的特性,對蛋白酶-抑制劑類、抗原-抗體類和其它類復合物采用不同的過濾方法,其中考慮了界面幾何匹配、疏水性和靜電互補性.用該方法對46個蛋白質-蛋白質復合物體系進行了對接測試,其中有25個蛋白酶-抑制劑類、11個抗體-抗原類、10個其它類型,結果全部找到了近天然結構,并有30個體系的近天然構象排在了前20位.與第一部分的軟對接算法相比,依賴于復合物類型的對接方法抓住了不同類型復合物中分子間相互作用與識別的重要差