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![應(yīng)用基因芯片技術(shù)篩查皖北地區(qū)Budd-Chiari綜合征(BCS)易感基因的研究.pdf_第1頁(yè)](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/10/8/f2090d9f-265e-4d91-893e-82b1ad50c7c7/f2090d9f-265e-4d91-893e-82b1ad50c7c71.gif)
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1、目的:探索皖北地區(qū)BCS發(fā)病易感基因,為BCS病因?qū)W研究提供一定依據(jù),并為該病的早診斷、早治療提供幫助。
方法:搜集蚌埠醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院血管外科2013年8月至2014年3月住院治療的布加綜合征(BCS)患者32例作為實(shí)驗(yàn)組,同期來(lái)自蚌埠醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院體檢中心的同年齡、同性別的健康體檢者32例為對(duì)照組,抽取外周靜脈血,提取DNA,標(biāo)本處理,采用Infinium? HD Assay基因芯片技術(shù)(包括DNA堿變性-基因組全擴(kuò)
2、、斷裂-沉淀-重懸-雜交、洗滌-延伸-染色-掃描)和與之相配套的分析軟件Genomestudio,經(jīng)過(guò)總RNA的制備、總RNA的處理純化和質(zhì)量檢測(cè)、RNA標(biāo)記、RNA的純化標(biāo)記和質(zhì)量控制、雜交、芯片沖洗、芯片掃描、提取數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)分析、獲得差異表達(dá)基因的靶基因預(yù)測(cè)。應(yīng)用Plink全基因組關(guān)聯(lián)分析工具,對(duì)芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)濾,剔除掉低質(zhì)量的 individuals or SNPs;采用Fisher's exact test進(jìn)行 case/con
3、trol關(guān)聯(lián)分析,利用 IPA查詢?cè)摶蚴欠衽cBudd-Chiari syndrome相關(guān)。驗(yàn)證SNP的選擇標(biāo)準(zhǔn):i) P<0.0001(10-4);ii) MAF>0.05。
結(jié)果:32例患者血液樣本進(jìn)行全基因組測(cè)序及關(guān)聯(lián)分析,篩選出共計(jì)26897個(gè)SNP位點(diǎn)突變,其中9個(gè)高頻率突變位點(diǎn):ANGPT1(rs4472483、rs16876325), COL4A1( rs9515162、rs3783113、rs1981316、k
4、gp12393511、kgp11533359、kgp1789604、kgp740677),且均屬內(nèi)含子序列。
結(jié)論:皖北地區(qū)BCS患者篩選出ANGPT1(rs4472483、rs16876325),COL4A1( rs9515162、 rs3783113、 rs1981316、 kgp12393511、 kgp11533359、kgp1789604、kgp740677)9個(gè)堿基位點(diǎn)點(diǎn)突變。揭示皖北地區(qū)BCS發(fā)病可能與上述基因突
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