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![拮抗菌TerribacillusaidingensisMP602生物學特性及全基因組測序.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-2/24/12/c1fb24bc-f4a3-4620-a6c9-036d8102cb9b/c1fb24bc-f4a3-4620-a6c9-036d8102cb9b1.gif)
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文檔簡介
1、MP602菌株是一株從天目山柳杉上分離到的細菌,對番茄灰霉、串珠鐮刀、棉花枯萎、小麥紋枯、芹菜斑枯、桃褐斑、小麥長喙霉、西瓜枯萎、百合根腐、番茄早疫等植物病原真菌具有顯著的拮抗效果。研究結果發(fā)現(xiàn)該菌株為革蘭氏陽性菌,可生長的溫度范圍為:3~44℃,最佳生長溫度為32~37℃;可生長NaCl濃度范圍:1%~14%,最佳生長濃度為:1%~4%;經(jīng)過Biolog確定,在檢測的71種碳源中,MP602可較強利用21種碳源,對其它50種碳源不能利
2、用或利用能力弱,結合16S rDNA序列比對,確定該細菌為Terribacillus aidingensis。抑菌譜實驗結果表明,MP602主要是通過分泌一種能夠抑制病原菌生長的拮抗代謝物發(fā)揮作用。
為進一步挖掘該細菌的生防功能基因,本研究完成了T. aidingensis MP602的全基因組測序。本研究將傳統(tǒng)的Sanger測序方法(Sanger dideoxy sequencing)與Illumina高通量測序法相結合,利
3、用Velvet1.2.10軟件進行基因組序列拼接組裝,同時進行必要的PCR重復序列以矯正序列,最終獲得T. aidingensis MP602基因組序列完整圖譜。結果顯示MP602的基因組由一條染色體和一個質粒組成,其中染色體的長度為3,488,643 bp,G+C含量為42.76%;質粒的長度為88,439 bp,G+C含量為37.32%。建立生物信息軟件分析系統(tǒng),使用Glimmer3對全基因組序列進行開放閱讀框(ORFs)的預測,染
4、色體及質粒分別編碼3,587個及103個ORF開放閱讀框;使用tRNAscan-SE程序對染色體基因組序列進行掃描,發(fā)現(xiàn)并注釋可能的tRNA數(shù)量為56個;下載GeneBank的nr數(shù)據(jù)庫、Tr-EMBL數(shù)據(jù)庫、Swiss-prot蛋白數(shù)據(jù)庫,COG數(shù)據(jù)庫,對基因功能進行預測及分類信息、結構域信息的二次注釋。本株細菌作為Terribacillus屬首次進行全基因組測序的細菌,將注釋結果提交GenBank,獲得該菌株染色體及質粒的序列登錄號
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