衣阿華支原體與滑液支原體的全基因組測序及分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、衣阿華支原體(Mycoplasma iowae)被稱作一種非比尋常的支原體,它不僅對抗生素和熱處理具有堅強的耐受力,對膽鹽的抗性也與眾不同,該支原體主要在火雞養(yǎng)殖業(yè)中具有重要的經濟意義,可以導致火雞死胚?;褐гw(Mycoplasmasynoviae)最早從患有滑膜炎的病雞中分離,肉雞和火雞感染后均呈現為關節(jié)滲出性的滑液囊膜炎及腱鞘滑膜炎,部分菌株感染宿主后能引發(fā)慢性呼吸道疾病道癥狀,導致氣囊受損。
   本研究采用Roche

2、454 GX FLX及配套軟件對毒力較弱的衣阿華支原體695株和毒力較強的滑液支原體GX11-T株進行測序與拼接工作,借助軟件與數據庫對基因組所承載的遺傳信息進行了注釋與分析,進而對這兩株支原體的基因組結構、進化情況以及毒力島等有了更為深入的理解。本研究對滑液支原體GX11-T株的遺傳轉化條件進行了摸索,利用電化轉攜帶Tn4001轉座子的質粒pMT85,成功篩選出滑液支原體GX11-T株中帶有慶大霉素抗性基因的突變株,主要工作包括:

3、r>   1.衣阿華支原體695株基因組測序及基本分析
   衣阿華支原體695株基因組全長1195,147 bp,G+C含量20%,預測含有947個編碼基因,編碼基因的平均長度為1089 bp,2個rRNA和29個tRNA。通過對衣阿華支原體的代謝通路、氨基酸使用頻率及偏好性、信號轉導系統(tǒng)、限制性修飾基因、假基因、蛋白質互作等方面進行了基本分析后,我們發(fā)現在已完成基因組序列的支原體屬的菌株中,只有衣阿華支原體695具有糖酵解

4、途徑中的熊果苷和水楊苷的分支代謝途徑。在衣阿華695株的信號轉導系統(tǒng)中,我們發(fā)現了一對位于編碼熱休克蛋白的基因上游編碼了雙組份信號轉導系統(tǒng)組分的蛋白:組氨酸激酶(695.orf0285)和信號轉導調控因子(695.orf0477),并軟件預測該信號轉導調控因子能夠與DnaK發(fā)生蛋白質互作,因而我們推測DnaK-DnaJ-GrpE熱休克系統(tǒng)可能受其上游這個雙組份信號轉導系統(tǒng)的調控,并與衣阿華支原體695株的耐熱性相關。此外,該基因組中發(fā)現

5、了一個和代謝膽鹽相關蛋白UvrA57%氨基酸同源的核酸外切酶(695.orf0053),暗示了其可能與衣阿華支原體抗膽鹽能力相關。
   2.滑液支原體GX11-T株基因組測序及基本分析
   完成了滑液支原體GX11-T株基因組的測序及分析?;褐гwGX11-T株基因組全長738,351 bp,G+C含量為28.34%,預測含有679個編碼基因,其平均長度為981bp,含有2個rRNA,32個tRNA。同樣我們對其代

6、謝通路、氨基酸使用情況、信號轉導系統(tǒng)、限制性修飾基因、假基因、蛋白質互作等方面進行了分析。在滑液支原體GX11-T株中假基因的預測數目有34個,其中有5個編碼VlhA黏附素基因家族蛋白。而滑液支原體GX11-T株預測的7個毒力島中,有一個基因島主要編碼與侵襲力直接相關的VlhA黏附素基因家族蛋白,從基因組學水平上解釋了滑液支原體GX11-T的較強毒力。
   3.進化與蛋白質聚類分析
   本研究挑選了已經完成基因組測序

7、的支原體屬中的20株支原體的基因組為參考基因組,完成了對衣阿華695株和GX11-T株進化分析,基于16sr DNA和ftsY基因的進化結果分析顯示衣阿華支原體695株與雞毒支原體親緣關系較近,而滑液支原體與牛支原體親緣關系較近,并和豬肺炎支原體、豬鼻支原體同屬一個分支。通過比較滑液支原體GX11-T基因組序列和已被公布的滑液支原體53株基因組序列,兩株支原體中約有90%的基因高度相似,其中有8個是滑液支原體GX11-T株特有基因,包括

8、一個屬于VlhA黏附素基因家族蛋白編碼血凝素蛋白(GA.orf0438),與相位移動相關。此外,對包括衣阿華支原體695株、滑液支原體GX11-T株的3株雞源支原體進行基因家族聚類分析,結果顯示衣阿華支原體695株具有43個特有基因家族,而滑液支原體GX11-T株具有87個特有基因家族。
   4.滑液支原體遺傳轉化的探討
   本研究將含有Tn4001轉座子的質粒電轉化到滑液支原體GX11-T株中,優(yōu)化了滑液支原體的遺

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