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1、肌肉和脂肪是影響豬肌肉品質(zhì)重要因素,提高肌肉品質(zhì)是育種工作者的重要目標(biāo)之一,隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,豬的育種技術(shù)已從常規(guī)育種逐漸向分子育種的方向過渡。因此,了解影響豬肌肉和脂肪組織的相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)理,有助于為分子育種打下良好的基礎(chǔ)。為此,我們做了如下研究:
(1)通過5'ACE鑒定了豬BMP-3b基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),發(fā)現(xiàn)該基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)翻譯起始位點(diǎn)上游278bp處的鳥嘌呤,并將其定為+1。
(2)通過
2、NCBI和EBI獲得了豬BMP-3b基因5'端上游調(diào)控序列,我們克隆了該基因5'端上游調(diào)控序列1458bp。利用生物信息學(xué)的方法預(yù)測(cè)了豬BMP-3b基因5'端上游調(diào)控區(qū)域,發(fā)現(xiàn)了TATA-box和GC-box,預(yù)測(cè)到了多個(gè)與脂肪相關(guān)的C/EBP轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。并比較不同物種的近端啟動(dòng)區(qū),發(fā)現(xiàn)在-51~-36bp處高度保守,該區(qū)域位于兩個(gè)GC-box中。
(3)構(gòu)建了8段5'端系列缺失片段的雙熒光素酶報(bào)告基因載體,并在3種
3、真核細(xì)胞系中檢測(cè)了它們的熒光活性,并對(duì)活性較高的PF2段缺失又進(jìn)行了5段缺失,同樣檢測(cè)它們的熒光活性,發(fā)現(xiàn)在-46~-39可能是該基因的核心區(qū)域。
(4)通過點(diǎn)突變的方法對(duì)上述找到的核心區(qū)域進(jìn)行了突變驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)突變后其熒光活性極顯著降低,進(jìn)一步確定了該基因的核心位點(diǎn)。
(5)豬BMP-3b基因5'端上游和第一外顯子存在著兩個(gè)CpG島,分別位于-354~+229處,長度為583bp;+308~+596bp,長度
4、為288bp;我們對(duì)該基因9個(gè)不同組織和時(shí)期的核心啟動(dòng)區(qū)-277~-18bp進(jìn)行了甲基化分析。該區(qū)域存在37個(gè)CG位點(diǎn)。發(fā)現(xiàn)豬BMP-3b基因的甲基化水平很低,在1月齡背最長肌甲基化程度最高,但也僅為3.2%;在6月齡胃中最低,僅有0.3%。
(6)運(yùn)用RT-PCR的方法檢測(cè)了BMP-3b基因在六月齡大白豬16個(gè)組織的表達(dá)情況,結(jié)果顯示:該基因在腦和肺中高表達(dá),在脂肪、肝臟、心臟、卵巢中中度表達(dá),在脾臟、背最長肌、胃、小腸
5、、腎臟中微量表達(dá),在所檢測(cè)的其他組織中未檢測(cè)到表達(dá)。
(7)分別獲取了大白豬和梅山豬BMP-3b基因的完整CDS,全長為1428bp,編碼475個(gè)氨基酸,對(duì)比發(fā)現(xiàn)在546bp處梅山豬為A,而大白豬為G,但由于密碼子的搖擺性,CTA(G)編碼相同的亮氨酸,該位點(diǎn)可能是一個(gè)潛在的SNP位點(diǎn)。并由此構(gòu)建了PcDNA3.1-CDS真核表達(dá)載體。
(8)運(yùn)用生物信息學(xué)的方法對(duì)比了不同物種的BMP-3b基因結(jié)構(gòu)和的氨基酸
6、序列,發(fā)現(xiàn)BMP-3b是一個(gè)很保守的基因,豬、牛、鼠和人的該基因都具有三個(gè)外顯子和二個(gè)內(nèi)含子,而且內(nèi)含子和外顯子的交界處均符合GT-AG的典型規(guī)則;豬和牛、羊、馬、貓、黑猩猩、大熊貓、人、鼠的氨基酸序列相似性分別為92%、93%、94%、89%、90%、92%、90%、90%。
(9)利用構(gòu)建PcDNA3.1-CDS真核表達(dá)載體在豬PK細(xì)胞中進(jìn)行了超表達(dá)分析,通過熒光定量PCR發(fā)現(xiàn):超表達(dá)豬BMP-3b基因后與空PcDNA
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